L'agent comptable exerce les fonctions de chef du service de la comptabilité de l'établissement.
Le pouvoir de suspension à l'égard des agents comptables est exercé, pour les établissements qui lui sont directement rattachés, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et par le recteur d'académie, chancelier, pour les autres établissements. Le ministre qui a prononcé le détachement de l'intéressé est avisé de la suspension.