Le service de santé des armées fixe les règles d'organisation et de fonctionnement de l'exercice de la médecine de prévention dont bénéficie le personnel militaire affecté au ministère de la défense. Le directeur central du service de santé des armées est consulté sur les dispositions réglementaires relatives à la santé et à la sécurité au travail au ministère de la défense dès lors qu'elles comportent des dispositions ayant des implications médicales ou des répercussions sur l'organisation et les conditions d'exercice de la médecine de prévention au profit du personnel militaire.

Conformément à l'article 38 du décret du 29 mars 2012 susvisé, le directeur central du service de santé des armées désigne un praticien militaire qualifié en médecine du travail, dénommé coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère, pour le conseiller sur les actions à mener par le service de santé des armées, destinées à maintenir dans l'emploi le personnel militaire relevant du champ de la médecine de prévention. A ce titre :

1° Il participe à la surveillance et à la coordination de la médecine de prévention mise en œuvre au profit du personnel militaire du ministère ;

2° Il centralise et exploite les données et les rapports annuels de synthèse concernant l'exercice de la médecine de prévention réalisée au profit du personnel militaire. La synthèse chiffrée est transmise à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées ;

3° Il conseille sur les formations dédiées aux médecins des armées et nécessaires à l'acquisition et au maintien des compétences en médecine de prévention.

Référent médical du ministère en médecine du travail, il conseille la direction des ressources humaines du ministère de la défense en charge de la politique ministérielle relative à la santé et à la sécurité au travail au ministère de la défense.

L'exercice de la médecine de prévention est sectorisé. Le directeur de la médecine des forces dispose par secteur de médecine de prévention d'un praticien qualifié en médecine du travail, désigné par le directeur central du service de santé des armées et dénommé conseiller expert en médecine de prévention, pour exercer à son profit les fonctions de conseil en ce qui concerne l'exercice de la médecine de prévention mise en œuvre au profit du personnel militaire dans le secteur concerné. Ce conseiller assure également une mission de conseil au profit des médecins des armées et des autorités d'emploi au niveau local.
Le conseiller expert en médecine de prévention exploite et synthétise les rapports annuels de médecine de prévention rédigés par les médecins des armées en charge de l'exercice de la médecine de prévention du personnel militaire de son secteur. Cette synthèse est transmise au directeur de la médecine des forces et au coordonnateur national de la médecine de prévention. Un exemplaire de cette synthèse est adressé à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.
Le conseiller expert en médecine de prévention est chargé de mettre en œuvre le développement professionnel continu en médecine de prévention. En application des directives de la direction centrale du service de santé des armées, cette formation est placée sous l'autorité pédagogique de l'école du Val-de-Grâce.

Au sein des centres médicaux du service de santé des armées, des médecins des armées qualifiés en médecine du travail sont désignés par le directeur de la médecine des forces, sur proposition du conseiller expert en médecine de prévention, sur un secteur de supervision qui leur est propre.
Ces médecins des armées qualifiés apportent en qualité de médecins superviseurs, aux côtés du conseiller expert en médecine de prévention, leur aide et leurs conseils aux médecins des armées des centres médicaux du service de santé des armées.

Dans chaque centre médical du service de santé des armées, le directeur de la médecine des forces désigne, sur proposition des commandants des centres médicaux du service de santé des armées, parmi les médecins qui relèvent de leur autorité, des médecins des armées chargés de la médecine de prévention du personnel militaire, dénommés médecins adjoints chargés de la médecine de prévention. Il désigne également, en tant que de besoin, un suppléant à chaque médecin adjoint chargé de la médecine de prévention.
Les médecins adjoints chargés de la médecine de prévention contribuent à l'harmonisation des pratiques médicales dans le domaine particulier de la médecine de prévention. Ils diffusent auprès des autres médecins, les notes et directives élaborées par la direction centrale du service de santé et des armées ou par la direction de la médecine des forces.
Chaque médecin adjoint chargé de la médecine de prévention établit un rapport annuel de médecine de prévention. Ce rapport est transmis au directeur de la médecine des forces pour exploitation par le conseiller expert en médecine de prévention du secteur concerné.

Chaque médecin des armées des centres médicaux du service de santé des armées est en charge de l'exercice de la médecine de prévention au profit du personnel militaire affecté au ministère de la défense.

A ce titre, les médecins des armées sont les conseillers des chefs d'organismes, des agents et des représentants du personnel militaire. Ils conduisent des actions sur le milieu de travail notamment en participant aux réunions des commissions consultatives d'hygiène et de prévention des accidents et en œuvrant à l'évaluation et à la prévention des risques professionnels.

Les missions de la médecine de prévention au profit du personnel militaire sont assurées par une équipe pluridisciplinaire comprenant des médecins des armées, des internes des hôpitaux des armées, des infirmiers et des intervenants en prévention des risques professionnels.

Dans le cadre des actions sur le milieu de travail, les médecins des armées sont amenés à effectuer des visites des lieux de travail. A cet effet, ils ont libre accès aux lieux de travail. Au cours de leurs activités en milieu de travail, ils analysent les postes de travail et leurs exigences physiques et psychologiques ainsi que les rythmes de travail. A cette occasion, si ces médecins constatent l'existence d'un risque ou d'un dysfonctionnement grave pour la santé, ils le signalent par écrit au chef d'organisme, avec le cas échéant des propositions motivées permettant de corriger la situation constatée.

L'équipe pluridisciplinaire, coordonnée par le médecin des armées, peut également réaliser des actions sur le milieu de travail. A cet effet, les membres de cette équipe peuvent être admis à pénétrer dans les zones, installations, bâtiments ou aéronefs dont l'accès est soumis à une autorisation spéciale, accordée au cas par cas, par l'autorité responsable et dans les conditions permettant d'assurer la protection du secret de la défense nationale.

L'activité en médecine de prévention exercée par les médecins des armées fait l'objet d'une supervision menée par les conseillers experts en médecine de prévention sous l'autorité du directeur de la médecine des forces.

A cet effet, le coordonnateur national de la médecine de prévention établit chaque année, à partir des propositions faites par les conseillers experts en médecine de prévention, un programme de supervision en lien avec l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.

Cette activité est réalisée à partir d'un référentiel commun au titre de la supervision, défini en collaboration avec l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.

Le conseiller expert en médecine de prévention organise la supervision de l'activité en médecine de prévention exercée par les médecins des armées pour son secteur et y participe.

Pour assurer leurs missions, les médecins des armées bénéficient d'un tutorat effectué par les médecins superviseurs et d'une formation mise en place au titre de l'article 5 du présent arrêté. Cette formation est obligatoire pour les médecins adjoints chargés de la médecine de prévention.

Les infirmiers, membres de l'équipe pluridisciplinaire, bénéficient d'une formation initiale fixée par le coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère de la défense. Ils bénéficient également d'une formation continue leur permettant de satisfaire à leur obligation de développement professionnel continu.