Selon les besoins exprimés par les centres médicaux des armées, les commandants de base de défense coordonnent la mise à disposition par les organismes situés dans leurs zones de ressort respectives des infrastructures nécessaires à l'accueil des antennes de médecine de prévention.
Les commandants des centres médicaux des armées formulent les demandes de prestations en matière de soutien commun au commandant de la base de défense, aux états-majors, aux directions et aux services au regard de leurs attributions respectives.

Le chef d'organisme est responsable du suivi médical des agents placés sous son autorité. Il détermine les modalités de la convocation et du suivi des visites ou examens en liaison avec le service territorialement compétent en charge de l'administration du personnel civil.
Le chef d'organisme s'assure du respect des conditions prévues aux articles 18 et 22 du présent arrêté pour tout agent faisant l'objet d'une mobilité. Le cas échéant, il organise la visite prévue par le présent arrêté.

Toute facilité doit être accordée par le chef d'organisme pour permettre aux agents de bénéficier de l'ensemble des visites et examens prévus par le présent arrêté. Une autorisation d'absence rémunérée est accordée aux agents. La durée de cette autorisation comprend la durée prévisible des visites et examens ainsi que les délais de route.
Les agents convoqués sont indemnisés de leur frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.
Les demandes d'expertise ou de prélèvement et mesure en milieu de travail formulées par le médecin du travail au chef d'organisme en application de l'article 45 du décret du 29 mars 2012 susvisé sont exprimées par ce dernier auprès des services de soutien ou des états-majors, directions et services au regard de leurs attributions respectives en application de l'article 6 de l'arrêté du 9 août 2012 susvisé.

Le chef d'organisme informe le médecin du travail :
1° De chaque accident de travail ou de service déclaré ;
2° De chaque maladie professionnelle ou à caractère professionnel déclarée ;
3° De tout aménagement important modifiant des conditions de santé et de sécurité ou les conditions de travail des agents, notamment, lors de la transformation importante des postes de travail, de la modification de l'outillage, d'un changement de produit ou de l'organisation du travail.
Le chef d'organisme transmet au médecin du travail les fiches de données de sécurité délivrées par les fournisseurs des produits chimiques utilisés.

Le chef d'organisme est tenu de prendre en considération les avis, propositions ou recommandations formulées par le médecin du travail. En cas de refus, le chef d'organisme fait connaître par écrit, au médecin du travail, les motifs qui s'opposent à ce qu'une suite favorable y soit donnée.