Le service de santé des armées fixe les règles d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention du ministère. Il veille à leur mise en œuvre et prend, le cas échéant, les mesures nécessaires à l'amélioration de leur efficience.
Le directeur central du service de santé des armées est consulté sur les dispositions règlementaires relatives à la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ou qui ont trait à la santé et à la sécurité du travail dès lors qu'elles comportent des dispositions ayant des implications médicales ou des répercussions sur l'organisation et le fonctionnement du service de médecine de prévention.

Le directeur central du service de santé des armées désigne un praticien militaire qualifié en médecine du travail, dénommé " coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère " conformément à l'article 38 du décret du 29 mars 2012 susvisé.

Référent médical du ministère en médecine du travail, il conseille la direction des ressources humaines du ministère de la défense en charge de la politique ministérielle relative à la santé et à la sécurité au travail au ministère de la défense.

Il conseille la direction centrale du service de santé des armées chargée du pilotage du service de médecine de prévention ministériel. A ce titre :

1° Il participe à la surveillance et la coordination de la médecine de prévention mise en œuvre au profit du personnel civil du ministère ;

2° Il participe au contrôle interne en rapport avec la gestion, l'administration et le fonctionnement du service de médecine de prévention ;

3° Il centralise et exploite les données et les rapports annuels de synthèse pour chaque secteur de médecine de prévention et en fait la synthèse chiffrée qu'il adresse notamment à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.

Une commission médico-technique est constituée au sein de la direction centrale du service de santé des armées. Elle formule des propositions relatives aux domaines organisationnels et aux actions à caractère pluridisciplinaire en matière de médecine de prévention. Les modalités de fonctionnement de la commission sont fixées par la circulaire prévue à l'article 38 du présent arrêté.

Le service de médecine de prévention ministériel peut, faire appel à des experts ou à des organismes du service de santé des armées pour réaliser des actions pluridisciplinaires, notamment dans les domaines de l'épidémiologie, de la radioprotection ou des risques psychosociaux.

Le directeur de la médecine des forces organise et gère les secteurs de médecine de prévention placés sous son autorité.

A ce titre :

1° Il établit et actualise un plan d'organisation des secteurs de médecine de prévention, après consultation éventuelle des autorités dont relèvent les organismes bénéficiaires ;

2° Il assure le fonctionnement et l'administration des secteurs de médecine de prévention en lien avec le coordonnateur national ;

3° Il propose à la direction centrale du service de santé des armées les moyens en personnel et en matériel qu'il estime nécessaires.

Pour assurer ces missions, il dispose pour chacun des secteurs de médecine de prévention d'un praticien qualifié en médecine du travail, désigné par le directeur central du service de santé des armées. Ce médecin dénommé conseiller expert en médecine de prévention assure un rôle d'expert, de conseil et de coordination dans son domaine de compétence, au profit du directeur de la médecine des forces pour le secteur dont il relève, ainsi que des médecins du travail et des autorités d'emploi au niveau local.

Chaque praticien chargé de la médecine de prévention établit un rapport annuel de médecine de prévention. Les conseillers experts en médecine de prévention établissent des synthèses de ces rapports annuels pour leur secteur, puis le coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère de la défense établit la synthèse nationale, qui est transmise à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.