Une compétence géographique est confiée aux médecins du travail civils et militaires désignés par le service de santé des armées selon les dispositions prévues à l'article 39 du décret du 29 mars 2012 susvisé. Ce dispositif est complété par des prestations apportées par des médecins relevant, selon le cas, des organismes listés à l'article précité.

Les internes militaires en médecine du travail, et le cas échéant, civils, sous réserve d'un agrément pris en conformité avec l'article L. 632-5 du code de l'éducation, peuvent être autorisés à exercer la médecine de prévention en remplacement d'un médecin du travail dans les conditions fixées à l'article R. 4623-28 du code du travail.

Dans chaque antenne, les médecins du travail sont les conseillers des chefs d'organismes, des agents et des représentants du personnel dans les activités mentionnées à l'article 44 du décret du 29 mars 2012 susvisé.

Ils sont chargés de la mise en œuvre des missions définies à l'article R. 4623-1 du code du travail, au bénéfice du personnel civil des organismes du ministère de la défense. Afin d'exercer ces missions, le médecin du travail procède à des examens médicaux et conduit des actions sur le milieu de travail avec les autres membres de l'équipe pluridisciplinaire du service de médecine de prévention.

Les médecins du travail doivent consacrer au moins un tiers de leur temps dans le cadre des actions en milieu de travail qui incluent notamment la participation aux instances consultatives compétentes en matière de santé et de sécurité au travail.

Les missions de la médecine de prévention sont assurées par une équipe pluridisciplinaire de santé au travail qui comprend d'une part les professionnels de santé que sont les médecins du travail, les collaborateurs médecins, les internes en médecine du travail et les infirmiers et d'autre part des intervenants en prévention des risques professionnels.

Le médecin du travail peut confier certaines activités, sous sa responsabilité, aux membres de l'équipe pluridisciplinaire qu'il coordonne, conformément aux articles 11 et 14 du présent arrêté. Les professionnels de santé de l'équipe pluridisciplinaire exercent dans le cadre de protocoles écrits. La circulaire prévue à l'article 38 du présent arrêté précise les conditions de leur réalisation.

Pour les professions dont les conditions d'exercice relèvent du code de la santé publique, ces activités sont exercées dans la limite des compétences respectives des professionnels de santé déterminées par les dispositions de ce code.

Dans le cadre des actions sur le milieu de travail, le médecin du travail est amené à effectuer des visites des lieux de travail. A cet effet, il a libre accès aux lieux de travail. Au cours de ses activités en milieu de travail, il analyse les postes de travail et leurs exigences physiques et psychologiques ainsi que les rythmes de travail. A cette occasion, si le médecin du travail constate l'existence d'un risque ou d'un dysfonctionnement grave pour la santé des agents, il le signale par écrit au chef d'organisme, avec le cas échéant des propositions motivées permettant de corriger la situation constatée.
L'équipe pluridisciplinaire, coordonnée par le médecin du travail, peut également réaliser des actions sur le milieu de travail. A cet effet, les membres de l'équipe pluridisciplinaire peuvent, au même titre que le médecin du travail, être admis à pénétrer dans les zones, installations, bâtiments ou aéronefs dont l'accès est soumis à une autorisation spéciale, accordée, au cas par cas, par l'autorité responsable et dans les conditions permettant d'assurer la protection du secret de la défense nationale.

Les médecins du travail peuvent être amenés à formuler des avis auprès des instances instituées en vertu des dispositions du décret du 14 mars 1986 susvisé.

Pour assurer leurs missions, les médecins du travail ont accès à la formation continue leur permettant de satisfaire à leur obligation de développement professionnel continu.
Les infirmiers, membres de l'équipe pluridisciplinaire, bénéficient d'une formation initiale fixée par le coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère de la défense. Ils bénéficient également d'une formation continue leur permettant de satisfaire à leur obligation de développement professionnel continu.