La formation conduisant au diplôme de préparateur en pharmacie hospitalière se déroule sur une durée globale de quarante-deux semaines. Elle comporte 1 360 heures d'enseignement dont 660 heures théoriques et 700 heures de stage ou de périodes pratiques. Elle est organisée conformément au référentiel de formation joint en annexe II.
L'enseignement en centre de formation comprend huit modules, dispensés sous forme de cours, de travaux dirigés, de travaux de groupe et de travaux pratiques. Des temps de recherche personnelle sont prévus et insérés dans le projet pédagogique du centre de formation.
Les périodes pratiques ou stages, au nombre de huit, sont réalisées dans les pharmacies à usage intérieur, dans les unités de soins, dans des cellules qualité ou gestion des risques ou en milieu industriel.
Des réunions pédagogiques entre les enseignants et les professionnels chargés d'encadrer les élèves et les apprentis sont organisées afin d'assurer une parfaite cohérence entre l'enseignement en centre de formation et les périodes pratiques.
Chaque période pratique ou stage fait l'objet d'un projet formalisé et individualisé établi par le responsable pédagogique du centre de formation en liaison avec le responsable de l'encadrement de l'élève dans la structure d'accueil. Il définit, à partir des ressources éducatives de la structure et du niveau de formation de l'élève, les objectifs à atteindre, les modalités d'encadrement et les critères d'évaluation.

La formation par l'apprentissage est effectuée sous la responsabilité administrative et pédagogique d'un centre de formation des apprentis.
L'articulation de la formation entre le centre de formation des apprentis et l'employeur est réalisée au travers du livret d'apprentissage. Le contenu du livret d'apprentissage est fixé en annexe III.

La formation professionnelle continue relève des dispositifs définis par le code du travail pour les candidats qui y sont assujettis et par les règles de la fonction publique pour les agents en fonctions qu'elle régit, notamment, pour les personnels hospitaliers, à l'article 2 b du décret du 5 avril 1990 susvisé.

La date de début de formation est fixée dans la première quinzaine du mois de septembre, par le directeur du centre de formation, après avis du conseil technique.

La présence des élèves et des apprentis à l'ensemble des enseignements est obligatoire.

Les enseignements sont dispensés par des pharmaciens et biologistes hospitaliers, des préparateurs en pharmacie hospitalière cadres de santé, ainsi que des directeurs d'établissements hospitaliers, et des personnels universitaires. Il peut également être fait appel à des intervenants ayant des connaissances particulières en fonction des matières ou disciplines enseignées.

Pour les élèves relevant du service de santé des armées, les terrains de stage sont déterminés par le directeur central du service de santé des armées, sur proposition du directeur du centre de formation. Ils sont agréés par le directeur régional des affaires sanitaires et sociales.

Les centres de formation de préparateurs en pharmacie hospitalière peuvent mener des actions de formation continue dans leur champ de compétence.