L'évaluation des compétences acquises par les élèves et les apprentis est effectuée tout au long de leur formation selon les modalités d'évaluation et de validation définies dans les référentiels de formation et de certification prévus à l'annexe II.

Les membres du jury du diplôme de préparateur en pharmacie hospitalière sont nommés par le préfet de région du lieu d'implantation du centre de formation, sur proposition du directeur régional des affaires sanitaires et sociales. Il comprend :
- le pharmacien inspecteur régional ou son représentant, pharmacien inspecteur de santé publique, président ;
- un enseignant-chercheur pharmacien hospitalier ;
- un membre des corps d'inspection de l'éducation nationale ;
- le directeur du centre de formation de préparateurs en pharmacie hospitalière ;
- un pharmacien praticien hospitalier proposé par le centre de formation ;
- un directeur d'établissement public de santé ou médico-social ou un membre du corps des personnels de direction ;
- un préparateur en pharmacie hospitalière, chargé d'enseignement ;
- un préparateur en pharmacie hospitalière, cadre de santé ;
- un préparateur en pharmacie hospitalière en exercice.

Sont déclarés reçus au diplôme de préparateur en pharmacie hospitalière les candidats qui ont validé l'ensemble des compétences liées à l'exercice du métier et qui justifient, à compter du 1er janvier 2008, d'une attestation de formation aux gestes et soins d'urgence de niveau 2 délivrée dans les conditions fixées par l'arrêté du 3 mars 2006 susvisé.
La liste des candidats reçus au diplôme de préparateur en pharmacie hospitalière est établie par le jury.
Le diplôme de préparateur en pharmacie hospitalière est délivré par le préfet de région aux candidats déclarés admis par le jury au vu du procès-verbal de la réunion de jury.

L'élève ou l'apprenti qui n'a pas obtenu la moyenne de 10 sur 20 à l'un des modules de formation ou qui a obtenu une note inférieure à 8 sur 20 à l'une des épreuves de ce module ne peut valider ce module. Il bénéficie alors d'une épreuve de rattrapage pour chacune des épreuves écrites ou orales prévues pour l'évaluation de ce module. L'élève peut alors conserver la note égale ou supérieure à la moyenne obtenue à l'une des épreuves du module.
En cas de note insuffisante à l'évaluation de la période pratique, l'élève peut être remis en situation d'évaluation en milieu hospitalier et bénéficier d'une épreuve de remplacement pendant la période de formation.
Dans tous les cas, les possibilités de rattrapage sont limitées à une seule fois.
L'élève qui ne remplit pas les conditions de validation à l'issue des épreuves de rattrapage dispose d'un délai de cinq ans après décision du jury pour valider le ou les modules auxquels il a échoué. Il doit suivre la formation de chaque unité non validée, conformément au référentiel de formation, et satisfaire à l'ensemble des épreuves de validation de l'unité ou des unités de formation concernées. Au-delà de ce délai, l'élève perd le bénéfice des unités de formation validées ainsi que celui des épreuves de sélection.
Dans le cadre de l'apprentissage, en cas d'échec à l'examen, le contrat peut être prolongé pour une durée d'un an au plus soit par prorogation du contrat initial, soit par conclusion d'un nouveau contrat avec un autre employeur. Dans l'hypothèse d'une prolongation inférieure à douze mois, l'horaire minimum en centre de formation d'apprentis, fixé à 240 heures par an, peut être réduit à due proportion.