L'Ecole navale bénéficie du soutien assuré par le service de santé des armées en application du deuxième alinéa de l'article R. 3231-1 et de l'article R. 3232-11 du code de la défense. A ce titre, elle est rattachée à un centre médical du service de santé des armées.
Le personnel militaire de l'école bénéficie également du dispositif de médecine de prévention défini par l'arrêté du 30 avril 2013 susvisé.
Le personnel civil de l'école bénéficie du service de médecine de prévention prévu par le décret du 28 mai 1982 susvisé.