L'Ecole navale bénéficie du soutien assuré par le service du commissariat des armées en application du dernier alinéa de l'article R. 3232-1 du code de la défense.
A ce titre, elle reçoit notamment le soutien apporté par le groupement de soutien de la base de défense territorialement compétent dans les domaines de l'administration générale et du soutien commun prévus à l'article 2 de l'arrêté du 29 novembre 2010 susvisé, à l'exception de l'administration de proximité du personnel civil.
En outre, l'Ecole navale est un organisme susceptible d'être rattaché à un cercle ou un foyer en application des articles R. 3412-7 et R. 3412-9 du code de la défense.

L'Ecole navale bénéficie du soutien assuré par le service de santé des armées en application du deuxième alinéa de l'article R. 3231-1 et de l'article R. 3232-11 du code de la défense. A ce titre, elle est rattachée à un centre médical du service de santé des armées.
Le personnel militaire de l'école bénéficie également du dispositif de médecine de prévention défini par l'arrêté du 30 avril 2013 susvisé.
Le personnel civil de l'école bénéficie du service de médecine de prévention prévu par le décret du 28 mai 1982 susvisé.

L'Ecole navale bénéficie du soutien assuré par le commissariat au numérique de défense en application de l'article 7 du décret n° 2025-782 du 6 août 2025 portant création du commissariat au numérique de défense. A ce titre, les systèmes, fonctions, moyens, matériels et infrastructures associées prévus par une instruction ministérielle, en service à l'Ecole navale, sont soutenus par le commissariat au numérique de défense.

Le commissariat au numérique de défense assure également le soutien des réseaux d'infrastructure et systèmes d'information spécifiques aux activités de formation et de recherche de l'Ecole navale dans les conditions prévues par l'instruction ministérielle mentionnée au premier alinéa du présent article.

Les modalités d'application des articles 2 et 4 sont fixées par des conventions conclues entre l'Ecole navale et les services de soutien intéressés.
Les prestations dont bénéficie l'Ecole navale en application du chapitre Ier sont assurées à titre gratuit sauf lorsqu'elles sont réalisées dans les conditions prévues aux 1°, 2° et 3° du III et au IV de l'article 7.

En application de l'article 2 du décret du 28 juin 2000 susvisé, le maintien en condition opérationnelle des matériels navals transférés à l'Ecole navale conformément à l'article 2 du décret du 21 octobre 2016 susvisé est assuré par le service de soutien de la flotte dans les conditions fixées par une convention conclue entre ce service et l'Ecole navale.
Le règlement des dépenses du maintien en condition opérationnelle correspondantes est assuré en 2017 par l'Ecole navale. A partir de 2018, le soutien assuré à l'école par le service de soutien de la flotte ne donne pas lieu à remboursement.