L'Ecole navale bénéficie du soutien assuré par le service du commissariat des armées en application du dernier alinéa de l'article R. 3232-1 du code de la défense.
A ce titre, elle reçoit notamment le soutien apporté par le groupement de soutien de la base de défense territorialement compétent dans les domaines de l'administration générale et du soutien commun prévus à l'article 2 de l'arrêté du 29 novembre 2010 susvisé, à l'exception de l'administration de proximité du personnel civil.
En outre, l'Ecole navale est un organisme susceptible d'être rattaché à un cercle ou un foyer en application des articles R. 3412-7 et R. 3412-9 du code de la défense.