L'agence élabore et contribue à la mise en oeuvre d'un plan de modernisation destiné à améliorer l'activité de transporteur public de personnes et à mieux satisfaire les besoins des usagers. Ce plan peut prévoir notamment l'organisation et le financement de formations, des dispositifs de cessation d'activité, ainsi que des aides à la reconversion.

L'agence peut proposer à l'Etat de prendre des mesures spécifiques pour l'accès à l'activité de transporteur public de personnes exercée dans le département.