Le palais de la Découverte est dirigé par un directeur et administré par un conseil d'administration. Il est doté d'un conseil scientifique.

Le directeur est nommé pour une durée de cinq ans, immédiatement renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du conseil d'administration.

Le conseil d'administration comprend :
1° Le directeur chargé des musées et le directeur chargé des lycées au ministère de l'éducation nationale, membres de droit ;
2° Huit personnalités nommées en raison de leur compétence en matière de recherche scientifique, de didactique ou de muséologie par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont :

• une sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
• une sur proposition de l'Académie des sciences ;
• un représentant des associations de diffusion de la culture scientifique et technique, sur proposition du directeur du palais, après avis du conseil d'administration ;

3° Sept représentants élus des personnels du palais, dont :

• deux représentants des conservateurs et personnels ingénieurs, enseignants ou chercheurs exerçant leurs fonctions dans les départements scientifiques ;
• deux représentants des autres personnels exerçant leurs fonctions dans les départements scientifiques ;

- un représentant des personnels ingénieurs et des autres personnels de catégorie A au sens de l'article 29 de la loi n° 84

• 16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat exerçant leurs fonctions dans les services communs ;
• deux représentants des autres personnels exerçant leurs fonctions dans les services communs ;

4° Quatre personnalités désignées au titre des usagers du palais par les membres cités aux 1° à 3° du présent article, dont deux enseignants au moins.
Le directeur, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur parmi les personnalités figurant au 2° de l'article précédent. Le conseil d'administration désigne en son sein un vice-président chargé, en cas d'absence ou d'empêchement du président, de diriger les débats.

Le conseil d'administration se réunit deux fois par an au moins en session ordinaire sur convocation de son président, sur un ordre du jour notifié au moins dix jours à l'avance.
Il est réuni en session extraordinaire sur convocation de son président à l'initiative de celui-ci ou sur demande de la moitié au moins de ses membres ou du directeur.
Il délibère valablement si la moitié au moins de ses membres en exercice sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours sur le même ordre du jour. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de ses membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité absolue des membres présents ou représentés, à l'exception des délibérations d'ordre budgétaire, qui sont prises dans les conditions prévues par le décret n° 94-39 du 14 janvier 1994 relatif au budget et au régime financier des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel, et des délibérations relatives au règlement intérieur, qui sont prises à la majorité absolue des membres en exercice du conseil.
Le président a voix prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil scientifique comprend :
1° Le directeur du palais, président ;
2° Un responsable de chaque département scientifique, désigné par le directeur du palais ;
3° Deux représentants élus des personnels ingénieurs et autres personnels de catégorie A au sens de l'article 29 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 susvisée exerçant leurs fonctions dans les départements scientifiques ;
4° Des personnalités scientifiques dont deux directeurs de musées scientifiques et techniques désignées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur après avis du directeur du palais, en nombre égal à celui des membres cités aux 1° à 3° du présent article.

Les élections au conseil d'administration et au conseil scientifique ont lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, à la majorité absolue au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix à l'issue du second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge. Chaque candidat se présente avec un suppléant.
Le règlement intérieur fixe les modalités du déroulement des élections.
Il est institué une commission de contrôle des opérations électorales présidée par un membre du tribunal administratif de Paris, désigné par son président.
La commission est composée, outre son président, d'au moins deux assesseurs choisis par celui-ci et d'un représentant désigné par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.
La commission de contrôle des opérations électorales connaît de toutes les contestations présentées par les électeurs, par le directeur ou par le ministre sur la préparation des opérations de vote ainsi que sur la proclamation des résultats du scrutin.
Elle est saisie, au plus tard, le cinquième jour suivant la proclamation des résultats.
Elle doit statuer dans un délai de dix jours.
La commission de contrôle des opérations électorales peut :

• constater l'inéligibilité d'un candidat ;
• rectifier en cas d'erreur ou de fraude le nombre de voix obtenues par les candidats ;
• en cas d'irrégularité de nature à vicier le vote, annuler les opérations du collège dans lequel l'irrégularité a été constatée.

Sont électeurs et éligibles au conseil d'administration et au conseil scientifique au titre des personnels d'enseignement et de recherche les personnels affectés ou mis à la disposition du palais de la Découverte.
Sont électeurs et éligibles au titre des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service les personnels affectés à l'établissement ou mis à sa disposition et assurant un service correspondant au moins à un mi-temps.

La durée du mandat des membres élus ou nommés du conseil d'administration et du conseil scientifique est de quatre ans renouvelable.
Le mandat des membres du conseil d'administration et de ceux du conseil scientifique prend fin de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été nommés ou élus.
Toute vacance, survenant pour quelque cause que ce soit, donne lieu à remplacement, pour la durée du mandat restant à courir, par le suppléant s'il s'agit d'un membre élu ou dans les conditions prévues aux articles 7 et 10 s'il s'agit d'un membre nommé.
En cas d'empêchement temporaire, les membres élus du conseil d'administration ou du conseil scientifique sont remplacés par leur suppléant. Les membres nommés peuvent donner procuration à un autre membre nommé. Nul ne peut recevoir plus d'une procuration.

Les membres des conseils exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par les décrets des 10 août 1966 et 12 mars 1986 susvisés.