L'Ecole française d'Extrême-Orient est dirigée par un directeur assisté d'un conseil scientifique et administrée par un conseil d'administration.

Le directeur de l'école est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du conseil d'administration de l'école et consultation de son conseil scientifique. Il est choisi sur présentation de deux listes, de deux noms au moins et de trois noms au plus, établies, l'une par l'Académie des inscriptions et belles-lettres, l'autre par une commission constituée de membres du Conseil national des universités et dont la composition est définie par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Les personnes proposées doivent relever de disciplines correspondant aux missions de l'école et appartenir soit au corps des professeurs d'université, soit au corps des maîtres de conférences, des maîtres-assistants docteurs d'Etat ou habilités, soit à des catégories de personnel assimilées dans les conditions prévues à l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987 relatif au Conseil national des universités.
Le directeur est nommé pour une durée de cinq ans ; son mandat est renouvelable une fois.

Le directeur exerce toutes les compétences qui ne sont pas dévolues au conseil d'administration par l'article 9 ci-dessous et, notamment, les compétences suivantes :
1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
5° Il est responsable du maintien de l'ordre dans l'établissement ;
6° Il accomplit tous actes conservatoires, notamment pour l'acceptation des libéralités ;
7° Il présente chaque année au ministre chargé de l'enseignement supérieur un rapport sur l'activité de l'école.
Pour l'exercice de ses attributions, le directeur peut déléguer sa signature au directeur des études et aux responsables des services et des centres à l'étranger.

Le directeur est secondé par un directeur des études et par un conservateur de bibliothèque.
Le directeur des études est choisi parmi les professeurs d'université, les maîtres de conférences, maîtres-assistants et personnels relevant de catégories assimilées dans les conditions prévues à l'article 5 du décret du 20 janvier 1987 précité ou les professeurs agrégés du second degré, titulaires du doctorat.
Il est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du directeur et consultation du conseil scientifique, pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Le conservateur de la bibliothèque est choisi parmi les membres du corps scientifique des bibliothèques ou, par dérogation, parmi les spécialistes que leurs compétences recommandent particulièrement pour ces fonctions. Il est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du directeur et consultation du conseil scientifique, pour une durée de quatre ans renouvelable.

L'agent comptable est désigné pour une durée de cinq ans renouvelable une fois, dans les conditions prévues par le deuxième alinéa de l'article 59 de la loi du 26 janvier 1984 précitée.

Le conseil d'administration délibère sur :
1° Les orientations générales de l'établissement ;
2° Le programme d'action scientifique et de recherche ;
3° Le budget et ses modifications ;
4° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
5° Le règlement intérieur de l'établissement, à la majorité absolue de ses membres en exercice ;
6° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
7° Les emprunts ;
8° L'acceptation des dons et legs ;
9° Les actions en justice ;
10° Les transactions.
Il peut déléguer au directeur certaines de ses attributions, à l'exception de celles mentionnées aux 1°, 3° à 7° et 10° ci-dessus. Toutefois, le directeur prend les décisions modificatives qui ne concernent pas des crédits limitatifs tels que définis à l'article 6 du décret n° 94-39 du 14 janvier 1994 susvisé. Il rend compte des décisions prises dans le cadre de ces délégations à la première réunion du conseil.

Le conseil d'administration comprend quinze membres ainsi répartis :
a) Quatre membres de droit :
1° Le directeur général des enseignements supérieurs et de la recherche au ministère chargé de l'enseignement supérieur, ou son représentant, président ;
2° Le secrétaire perpétuel de l'Académie des inscriptions et belles-lettres ou son représentant ;
3° Le directeur général des relations culturelles, scientifiques et techniques au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
4° Le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant.
b) Six personnalités nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont trois personnalités du monde scientifique, dont une désignée sur proposition de l'Académie des inscriptions et belles-lettres ;
c) Trois personnalités scientifiques siégeant au conseil scientifique et désignées par celui-ci, dont une au moins choisie parmi les personnalités mentionnées au 1° du b de l'article 14 ci-dessous ;
d) Un représentant des membres de l'école ;
e) Un représentant élu des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service,
Les modalités de l'élection des membres du conseil mentionnés aux d et e ci-dessus sont fixées par le règlement intérieur de l'établissement.
Participent aux séances du conseil d'administration, avec voix consultative, le directeur de l'école, le directeur des études et l'agent comptable.
Le conservateur de la bibliothèque participe avec voix consultative au conseil d'administration lorsque figurent à l'ordre du jour les problèmes de la bibliothèque.

Le conseil d'administration de l'école se réunit au moins une fois par an sur convocation du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Celui-ci peut en outre, de sa propre initiative ou à la demande de la majorité des membres en exercice, le convoquer en session extraordinaire.
Le conseil se réunit à Paris.
L'ordre du jour est fixé par le président. Il peut être complété à l'initiative des membres du conseil. Les demandes de complément à l'ordre du jour doivent être déposées, au moins huit jours avant la séance, auprès du président. Elles sont soumises au conseil si leur inscription à l'ordre du jour recueille l'approbation du quart au moins des membres présents.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres en exercice assiste à la réunion.
A défaut, il est procédé dans les quinze jours à une seconde délibération sans condition de quorum.
Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents, à l'exception du règlement intérieur, qui est adopté à la majorité absolue des membres en exercice du conseil, et des délibérations à caractère budgétaire, qui sont adoptées dans les conditions prévues par le décret du 14 janvier 1985 précité.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Le conseil scientifique assiste le directeur pour l'élaboration des orientations générales et des programmes scientifiques de l'école, pour la conduite, la coordination et la publication des recherches qui s'y poursuivent.
Il examine chaque année l'activité des membres de l'école et émet un avis sur les activités scientifiques de l'école.
Il propose au ministre chargé de l'enseignement supérieur les noms des membres susceptibles d'être nommés ou renouvelés dans leurs fonctions. Les propositions sont faites au vu d'une liste établie par la commission d'admission dont la composition est fixée par arrêté. Cette commission désigne en son sein un président, qui a voix prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil scientifique comprend dix-sept membres :
a) Cinq membres de droit :
1° Le directeur général des enseignements supérieurs et de la recherche ou son représentant, président ;
2° Le secrétaire perpétuel de l'Académie des inscriptions et belles-lettres ou son représentant ;
3° Le directeur chargé des sciences de l'homme et de la société au Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ;
4° Le directeur de l'école ;
5° Le directeur des études.
b) Dix personnalités scientifiques nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur en raison de leurs compétences dans les domaines correspondant aux missions de l'école, dont :
1° Quatre sur proposition de l'Académie des inscriptions et belles-lettres ;
2° Une sur proposition des sections compétentes du Comité national de la recherche scientifique ;
3° Une sur proposition des sections compétentes du Conseil national des universités ;
4° Un représentant de l'Ecole pratique des hautes études ;
5° Un représentant de l'Ecole des hautes études en sciences sociales.
c) Un représentant des membres de l'Ecole, élu dans des conditions fixées par le règlement intérieur ;
d) Un ancien membre de l'Ecole française d'Extrême-Orient ayant quitté l'école depuis moins de cinq ans , nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur sur proposition des autres membres du conseil scientifique.
La liste des sections compétentes du Comité national de la recherche scientifique et du Conseil national des universités est fixée par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Le conseil scientifique se réunit à Paris au moins une fois par an en session ordinaire sur convocation du ministre chargé de l'enseignement supérieur, qui peut en outre le convoquer en session extraordinaire.
Le conseil scientifique peut inviter à ses séances avec voix consultative des personnalités scientifiques françaises ou étrangères compétentes dans les différentes disciplines de l'école. Il peut également inviter des représentants de directions ou services du ministère chargé de l'enseignement supérieur ou d'autres départements ministériels.
Il délibère à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Le mandat du représentant des membres de l'Ecole française d'Extrême-Orient au conseil d'administration et au conseil scientifique a une durée d'une année. Il est renouvelable.
Le mandat des autres membres, élus ou désignés, de ces conseils a une durée de trois ans.
Lorsque, plus de six mois avant un renouvellement, un membre de l'un des conseils perd la qualité au titre de laquelle il a été élu, ou lorsqu'un siège devient vacant pour quelque autre cause que ce soit, un nouveau membre est désigné dans les mêmes conditions que son prédécesseur, pour la durée du mandat en cours.
Les membres des conseils exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour leur sont remboursés dans les conditions prévues par le décret du 10 août 1966 susvisé et le décret du 11 mars 1986 susvisé.