Le conseil scientifique se réunit à Paris au moins une fois par an en session ordinaire sur convocation du ministre chargé de l'enseignement supérieur, qui peut en outre le convoquer en session extraordinaire.
Le conseil scientifique peut inviter à ses séances avec voix consultative des personnalités scientifiques françaises ou étrangères compétentes dans les différentes disciplines de l'école. Il peut également inviter des représentants de directions ou services du ministère chargé de l'enseignement supérieur ou d'autres départements ministériels.
Il délibère à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.