Le secrétaire général de l'établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel est nommé par le ministre de l'éducation nationale, sur proposition du président ou du directeur de l'établissement. Sous l'autorité du président ou du directeur, il est chargé de la gestion de cet établissement.

L'agent comptable de chaque établissement est nommé, sur proposition du président ou du directeur, par un arrêté conjoint du ministre de l'éducation nationale et du ministre chargé du budget. Il est choisi sur une liste d'aptitude établie conjointement par ces deux ministres. Il a la qualité de comptable public. Il peut exercer, sur décision du président ou du directeur, les fonctions de chef des services financiers de l'établissement.

Le secrétaire général et l'agent comptable participent avec voix consultative au conseil d'administration et aux autres instances administrative de l'établissement.