L'établissement est administré par un conseil d'administration qui comprend vingt-deux membres :
1° Dix membres de droit :
- le directeur du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
- le directeur des musées de France au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
- le délégué au développement et aux affaires internationales au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
- le directeur général de l'enseignement scolaire au ministère chargé de l'éducation nationale ou son représentant ;
- le directeur de la population et des migrations au ministère chargé des affaires sociales ou son représentant ;
- le directeur des libertés publiques et des affaires juridiques au ministère chargé de l'intérieur ou son représentant ;
- le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
- le délégué interministériel à la ville et au développement social urbain ou son représentant ;
- le directeur général de l'Agence nationale pour la cohésion sociale et l'égalité des chances ou son représentant ;
- le président du Haut Conseil à l'intégration ou son représentant ;
2° Deux représentants de la ville de Paris ;
3° Quatre personnalités qualifiées, nommées par le Premier ministre sur proposition conjointe des ministres chargés de la tutelle ;
4° Quatre membres du conseil d'orientation de l'établissement désignés dans les conditions fixées à l'article 20 ;
5° Deux représentants du personnel de l'établissement élus dans les conditions fixées par un arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle.
Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 2°, 3°, 4° et 5° sont désignés pour trois ans. Leur mandat est renouvelable.
Pour les membres du conseil d'administration mentionnés aux 4° et 5° du présent article, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions que les titulaires pour un mandat de trois ans, afin de remplacer ces derniers en cas d'empêchement.
Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 3° et 4° qui, sans motif légitime, s'abstiennent d'assister aux séances du conseil d'administration pendant trois séances consécutives sont réputés démissionnaires. Le président du conseil d'administration constate cette démission après avoir invité l'intéressé à produire ses observations.
Toute vacance, pour quelque cause que ce soit, ou perte de la qualité au titre de laquelle les membres du conseil ont été désignés donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir.

Les membres du conseil d'administration et leurs suppléants exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.
Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre part aux débats ni aux votes relatifs à des décisions qui concernent des organismes et des associations au sein desquels ils exercent une responsabilité ou qu'ils représentent.

Les représentants élus du personnel bénéficient chacun d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de leur mandat.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur proposition des ministres chargés de la tutelle de l'établissement, parmi les personnalités mentionnées au 3° de l'article 10, pour la durée de son mandat de membre du conseil d'administration. La limite d'âge qui lui est applicable est fixée à soixante-huit ans.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président qui arrête l'ordre du jour. Il est également convoqué par son président à la demande de l'un des ministres chargés de la tutelle ou de la majorité de ses membres.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par le directeur général de l'établissement. Le conseil d'administration élit alors en son sein un président de séance parmi les personnalités qualifiées.
Chaque membre peut donner mandat, par écrit, à un autre membre de le représenter à une séance. Chaque membre ne peut recevoir qu'un seul mandat. Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres ou de leurs représentants ou suppléants sont présents.
Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur général de l'établissement, l'autorité chargée du contrôle financier et l'agent comptable assistent au conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut, en outre, appeler à participer aux séances avec voix consultative toute personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration règle, par ses délibérations, les affaires de l'établissement. Les délibérations portent notamment sur :
1° Les orientations générales de la politique culturelle, notamment en matière d'acquisition de biens culturels, de programmation des manifestations et de relations avec les partenaires, le projet scientifique et culturel, qui est adopté après avis du conseil d'orientation, et le programme des expositions temporaires ;
2° Les rapports d'activité ;
3° Le contrat pluriannuel mentionné à l'article 4, dont un compte rendu d'exécution lui est présenté chaque année ;
4° Le budget et ses modifications, ainsi que le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
5° Les orientations de la politique tarifaire ;
6° Les concessions, les autorisations d'occupation et d'exploitation du domaine public et les délégations de service public ;
7° Les emprunts, les prises, extensions et cessions de participation et les créations de filiales, ainsi que les participations à des groupements d'intérêt public, à des fondations ou à des associations ;
8° Les achats d'immeubles, prises à bail, ventes et baux d'immeubles ;
9° Les catégories de conventions, à l'exclusion de celles mentionnées au 6°, qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, doivent lui être soumis pour approbation et celles dont il délègue la responsabilité au directeur général, sous la condition que celui-ci rende compte, lors de la prochaine séance du conseil, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation ;
10° Les principes d'organisation de l'établissement ;
11° Les conditions générales d'emploi et de rémunération des agents contractuels ;
12° Le règlement intérieur ;
13° Les transactions et les actions en justice ;
14° Les dons et legs autres que les biens culturels destinés à prendre place dans les collections du musée national.
Il émet un avis sur le règlement de visite.
Pour les attributions énumérées aux 10°, 13° et 14°, le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs au directeur général de l'établissement dans les conditions qu'il détermine.
Le directeur général rend compte, lors de la séance la plus proche du conseil d'administration, des décisions prises dans le cadre des délégations qui lui sont consenties.
En cas d'urgence, les délibérations mentionnées aux 13° et 14° peuvent être prises après consultation écrite des membres du conseil d'administration, selon des modalités définies par le règlement intérieur.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par les ministres chargés de la tutelle, si aucun d'entre eux n'a fait connaître d'observation dans ce délai. Il en est de même des décisions du directeur général prises par délégation du conseil d'administration en application de l'article 15, sous réserve, pour les décisions relatives aux transactions, de l'accord préalable de l'autorité chargée du contrôle financier.
Les délibérations prévues au 4° de l'article 15 sont approuvées par les ministres chargés de la tutelle et le ministre chargé du budget dans les conditions fixées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.
Les délibérations prévues aux 5° et 6° de l'article 15 deviennent exécutoires de plein droit un mois après leur réception par les ministres chargés de la tutelle et le ministre chargé du budget, si aucun d'entre eux n'a fait connaître d'observation dans ce délai.
Pour devenir exécutoires, les délibérations prévues aux 7° et 8° de l'article 15 doivent faire l'objet d'une approbation expresse des ministres chargés de la tutelle et du ministre chargé du budget.
Les délibérations prévues au 11° de l'article 15 deviennent exécutoires de plein droit un mois après leur réception par les ministres chargés de la tutelle ainsi que les ministres chargés de la fonction publique et du budget, si aucun d'entre eux n'a fait connaître d'observation dans ce délai.

Le directeur général de l'établissement est nommé par décret du Premier ministre, sur proposition conjointe des ministres chargés de la tutelle, pour une durée de trois ans renouvelable.

Le directeur général dirige l'établissement. A ce titre :
1° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement et en assure la gestion. Il recrute les personnels contractuels. Il nomme à tous les emplois. Il donne son avis sur l'affectation des personnels titulaires à l'établissement, sauf lorsque l'affectation est consécutive à un concours. Il définit l'organisation des départements et des services de l'établissement ;
3° Il arrête le règlement de visite après avis du conseil d'administration ;
4° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ; il conclut les transactions et passe les actes d'acquisition, d'échanges et de vente concernant les immeubles, autorisés dans les conditions prévues à l'article 15 ;
5° Il accepte, au nom et pour le compte de l'Etat, les dons et legs qui consistent en des oeuvres ou objets destinés à prendre place dans les collections dont l'établissement a la garde. Il en informe le conseil d'administration. Il décide des acquisitions dans les conditions prévues à l'article 8 ;
6° Il peut créer des régies d'avances et de recettes, sur avis conforme de l'agent comptable ;
7° Il peut prendre, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, après en avoir informé l'autorité chargée du contrôle financier, des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni accroissement des effectifs permanents ou du montant total des dépenses, ni réduction du montant total des recettes, ni virement de crédits entre les chapitres de fonctionnement hors personnel, ni virement entre dépenses de fonctionnement et opérations en capital. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance ;
8° Il signe les conventions engageant l'établissement ; il est l'autorité responsable en matière de marché public et, à ce titre, peut déléguer sa signature aux responsables des services de l'établissement ; il signe les autorisations d'occupation du domaine public ;
9° Il fixe les prix des droits d'entrée, des prestations et services rendus par l'établissement et des redevances et droits des prises de vue et tournages, conformément aux orientations adoptées par le conseil d'administration ;
10° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
11° Il met en oeuvre, après avis du conseil d'orientation de l'établissement, les relations avec le réseau des partenaires de l'établissement ;
12° Il préside le comité technique paritaire et le comité d'hygiène et de sécurité ;
13° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut, pour les actes autres que ceux effectués en tant qu'autorité responsable en matière de marché public, déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité.
En cas d'empêchement du directeur général pour quelque cause que ce soit, les fonctions d'ordonnateur sont provisoirement exercées par le responsable des services administratifs et financiers de l'établissement pour l'exécution courante des recettes et des dépenses de l'établissement.

Le responsable des collections et des activités scientifiques du musée national est choisi parmi les personnes présentant des qualifications au sens de l'article L. 442-8 du code du patrimoine.

Le conseil d'orientation de l'établissement comprend :
1° Un président nommé par décret du Premier ministre sur proposition conjointe des ministres chargés de la tutelle ;
2° Trois collèges comprenant vingt-six membres :
a) Six membres constituant le collège des personnes qualifiées, choisies en raison de leur compétence dans les domaines de la recherche, des sciences et de l'enseignement, désignés par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle ;
b) Six membres constituant le collège des professionnels : le directeur général de l'établissement et le responsable des collections et des activités scientifiques du musée national, ainsi que deux responsables des services scientifiques et culturels de l'établissement et deux personnels scientifiques ou chargés d'action culturelle appartenant à des établissements culturels, désignés par arrêté du ministre chargé de la culture ;
c) Quatorze membres constituant le collège des partenaires, choisis parmi les représentants des associations et institutions partenaires de l'établissement, dont un représentant nommé sur proposition du maire de Paris, désignés par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle.
Le président et les membres du conseil d'orientation sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable.
Le conseil d'orientation de l'établissement désigne en son sein quatre représentants au conseil d'administration, dont trois membres du collège des partenaires et un membre du collège des personnes qualifiées.
Le président du conseil d'administration assiste au conseil d'orientation de l'établissement avec voix consultative.

Le conseil d'orientation de l'établissement est consulté sur :
1° Le projet scientifique et culturel du musée national, sur proposition du collège des professionnels et des personnes qualifiées ;
2° Le projet de contrat pluriannuel prévu à l'article 4 ;
3° Le programme d'activité de l'établissement, notamment les programmes culturels, les actions en faveur des publics et les actions menées en matière d'éducation et de recherche ;
4° La politique des relations avec le réseau de partenaires ;
5° Toute autre question qui lui est soumise par le directeur général ou le conseil d'administration.
Il est également consulté, en formation restreinte aux collèges des professionnels et des personnes qualifiées, sur les programmes de recherche de l'établissement ainsi que sur les projets d'acquisition et de restauration des biens culturels, les prêts et les dépôts de collections, les modalités d'acquisition, de sélection, de conservation, de numérisation et de diffusion des documents dont l'établissement a la garde.
Il contribue au développement des relations de l'établissement avec les organismes français et étrangers qui poursuivent des buts en rapport avec les missions de celui-ci.