L'institut est administré par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique. Il est dirigé par un directeur général.

L'institut est composé de départements et de services, placés sous l'autorité du directeur général et dont la liste est fixée dans les conditions définies au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.

Le conseil d'administration comprend :
1° Sept représentants de l'Etat ainsi désignés :
a) Deux par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
b) Un par le ministre chargé de la recherche ;
c) Trois par le ministre chargé de la culture ;
d) Un par le ministre chargé du budget ;
2° Sept représentants élus du personnel :
a) Deux représentants des personnels exerçant des fonctions scientifiques relevant des activités de recherche ;
b) Deux représentants des personnels scientifiques des bibliothèques ;
c) Un représentant des autres personnels de catégorie A et assimilés ;
d) Deux représentants de l'ensemble des autres personnels ;
3° Sept personnalités qualifiées, désignées par arrêté conjoint des ministres mentionnés à l'article 2.
Pour chacun des membres visés aux 1° et 2° ci-dessus, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.
Le directeur général, le directeur général des services, les directeurs de département, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable, ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration est élu parmi les personnalités qualifiées et pour la durée de son mandat de membre.
Un vice-président est élu dans les mêmes conditions. Il remplace le président en cas d'empêchement de celui-ci.
Le président veille à l'accomplissement par l'institut de ses missions et, en particulier, au développement des liens de ce dernier avec les établissements et organismes intervenant dans ses domaines d'activité.
Il fixe, après avis du directeur général, l'ordre du jour des séances du conseil d'administration et s'assure de l'exécution de ses délibérations.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :
1° Les orientations générales de l'institut et le contrat d'établissement ;
2° L'organisation interne de l'institut ;
3° La création et la modification de départements, après avis du conseil scientifique ;
4° La création et la modification de services communs, sur proposition du directeur général ;
5° La création d'un service d'activités industrielles et commerciales pour la gestion des activités mentionnées aux articles L. 123-5 et L. 711-1 du code de l'éducation ;
6° Les conditions générales d'emploi et de rémunération du personnel ;
7° Le budget et ses modifications ;
8° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
9° Le règlement intérieur, qui fixe notamment les conditions de la concertation entre l'institut et les institutions liées à son activité ;
10° Le programme scientifique, sur proposition du conseil scientifique ;
11° Les conditions d'attribution des bourses et d'accueil des boursiers ;
12° Les actions en justice et les transactions ;
13° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
14° Les emprunts, prises de participations financières et créations de filiales ;
15° L'acceptation des dons et legs ;
16° Les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés ;
17° Les modalités de tarification des prestations et services rendus par l'institut.
Il détermine les catégories de contrats, conventions, marchés et transactions que le directeur général est autorisé à conclure. Ce dernier en rend compte au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Le directeur général est nommé par décret pour trois ans, sur proposition conjointe des ministres mentionnés à l'article 2. Il est choisi parmi les personnalités exerçant ou ayant exercé des activités dans les domaines correspondant aux missions de l'institut. Il ne peut exercer plus de trois mandats consécutifs.

Il est assisté d'un directeur général des services.

Le directeur général dirige l'institut. A ce titre :
1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare et exécute le budget et les autres délibérations du conseil d'administration ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Il est responsable du bon fonctionnement de l'établissement et du respect de l'ordre et de la sécurité ;
5° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
6° Il nomme les directeurs de départements et les responsables de services ;
7° Il conclut les contrats et conventions dans les conditions définies à l'article 8 ;
8° Il accomplit tous actes conservatoires concernant notamment les libéralités ;
9° Il établit le rapport annuel d'activité de l'institut.
Le directeur général peut déléguer sa signature au directeur général des services et, pour les affaires relevant de leurs attributions, aux directeurs de département et aux responsables de service mentionnés à l'article 5.

Le conseil scientifique comprend, outre le directeur général, qui le préside :
1° Treize personnalités qualifiées ainsi désignées :
a) Trois, dont une personnalité appartenant à une institution étrangère, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
b) Trois, dont une personnalité appartenant à une institution étrangère, par le ministre chargé de la recherche ;
c) Six, dont deux personnalités appartenant à une institution étrangère, par le ministre chargé de la culture ;
d) Une par le ministre chargé des affaires étrangères ;
2° Cinq représentants élus du personnel :
a) Trois représentants des personnels exerçant des fonctions scientifiques relevant des activités de recherche ;
b) Deux représentants des personnels scientifiques des bibliothèques et des autres personnels de recherche et de documentation.
Le conseil scientifique élit, pour la durée de son mandat, un vice-président parmi les personnalités qualifiées. Le vice-président remplace le président en cas d'empêchement de celui-ci.
Pour chacun des membres mentionnés au 2° ci-dessus, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.
Le directeur général des services, les directeurs de département, ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président du conseil scientifique assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le conseil scientifique se prononce sur toute question pouvant avoir une incidence en matière de recherche. En particulier :

1° Il propose au conseil d'administration le programme scientifique de l'institut ;

2° Il choisit les projets scientifiques lui paraissant justifier le soutien de l'institut ;

3° Il propose au directeur général la nomination des personnels exerçant des activités de recherche, de documentation et de diffusion des connaissances et des boursiers bénéficiant de la formation définie au 3° de l'article 3 ;

4° Il contribue au développement des relations de l'institut avec les milieux scientifiques étrangers et internationaux ;

5° Il donne un avis sur les conventions de recherche avec d'autres établissements ou organismes, le bilan des activités de recherche de l'établissement ainsi que de ses actions de valorisation et de diffusion de la culture et de l'information scientifique et technique et la répartition des crédits de recherche ;

6° Il contribue à l'évaluation des activités scientifiques de l'institut.