Le président de l'institut, choisi parmi les personnalités du monde scientifique et technique, est nommé par décret pris sur proposition conjointe du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article R. 832-3-3.