L'Agence unique de paiement est soumise au régime financier et comptable défini par les dispositions de la présente sous-section ainsi que par les articles 151 à 153 et 190 à 225 du décret du 29 décembre 1962 modifié susvisé portant règlement général sur la comptabilité publique. L'article R. 621-35 est applicable.

L'état prévisionnel des recettes et des dépenses de l'agence comprend notamment :
1° En recettes :
a) Les contributions ou subventions de l'Etat, de collectivités territoriales, d'établissements publics ou de la Communauté européenne ;
b) Les remboursements d'avances et de prêts ;
c) Le produit des redevances pour services rendus ;
d) Le produit des ventes et prestations ;
e) Le produit des taxes fiscales affectées ;
f) Les contributions des organisations professionnelles et organismes du secteur intéressé ;
g) Le produit du placement des fonds disponibles ;
h) Les dons et legs ;
i) Les emprunts ;
j) Les recettes diverses.
2° En dépenses :
a) Les dépenses d'intervention effectuées sous forme d'avances, d'achats, de prêts, de garanties ou de subventions par application de la réglementation communautaire et des décisions mentionnées à l'article R. 622-17 ;
b) Les dépenses de personnel ;
c) Les dépenses de fonctionnement ;
d) Les dépenses d'investissement.

Le directeur général de l'agence prépare chaque année, pour la période de douze mois commençant le 1er janvier, un état prévisionnel des recettes et dépenses nationales et communautaires par chapitres et éventuellement par articles.

L'état prévisionnel des recettes et dépenses est présenté et soumis à l'organe délibérant de l'agence avant le 25 novembre qui précède le début de l'exercice.
Il est adopté par l'organe délibérant et approuvé conformément aux modalités fixées par le décret n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat. Pour les opérations effectuées au titre des réglementations communautaires, cette approbation est réputée acquise à la date de réception, par les autorités compétentes, de la délibération et des documents correspondants.
Dans le cas où l'état prévisionnel des recettes et dépenses n'est pas approuvé à l'ouverture de l'exercice, le directeur général de l'agence met en oeuvre les mesures financières prévues par la réglementation communautaire. Les dépenses de personnel, de fonctionnement et d'investissement sont effectuées, jusqu'à l'approbation de cet état, par le directeur général après accord du membre du corps du contrôle général économique et financier, sur la base de l'état prévisionnel des recettes et dépenses adopté pour l'exercice précédent, déduction faite, le cas échéant, des crédits qui avaient été affectés à des dépenses non renouvelables.
Les décisions modificatives de l'état prévisionnel des recettes et dépenses sont approuvées selon les mêmes modalités.

Les crédits ont un caractère limitatif, à l'exception de ceux relatifs aux opérations de stockage et aux opérations communautaires. Ce caractère limitatif s'apprécie par chapitre et dans le cadre défini lors des notifications de crédits budgétaires par le ministre chargé de l'agriculture.
Lorsque les chapitres n'ont pas fait l'objet d'une présentation détaillée dans l'état prévisionnel des recettes et dépenses, le directeur général établit un état de répartition par articles, soumis au visa préalable du membre du corps du contrôle général économique et financier.
En cas d'urgence, les ministres chargés de l'agriculture, du budget et, le cas échéant, de la pêche ou de l'outre-mer peuvent autoriser des virements de crédits ou une modification de la programmation des autorisations d'engagement ou notifier à l'agence une dotation complémentaire. Les modifications ainsi apportées sont soumises ultérieurement pour avis à l'organe délibérant de l'agence.

Un état des reports des autorisations d'engagement non engagées et des engagements n'ayant pas donné lieu à ordonnancement avant la fin de l'exercice est établi par le directeur général de l'agence, qui le communique aux ministres de tutelle dans le mois suivant la fin de l'exercice après visa du membre du corps du contrôle général économique et financier.

Les conditions et modalités de versement des aides mentionnées au premier alinéa de l'article L. 622-1 sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

L'ordonnateur tient une comptabilité d'engagement.
Il dresse à la fin de chaque trimestre un état, par exercice, des engagements de dépenses, en distinguant les engagements de l'exercice en cours et les engagements afférents à des exercices antérieurs ayant fait l'objet d'un report.
Cet état distingue les crédits de personnel et de fonctionnement, les crédits d'intervention économique et les crédits d'opérations en capital. Il est immédiatement communiqué aux autorités de tutelle et au membre du corps du contrôle général économique et financier.

L'agence est soumise au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le ministre chargé de l'économie désigne un membre du corps du contrôle général économique et financier auprès de l'agence.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé de l'agriculture fixe les modalités particulières d'exercice de ce contrôle en ce qui concerne les conditions dans lesquelles ce contrôleur général assiste aux séances des organes délibérants, exerce un visa préalable sur les actes et obtient l'information nécessaire à l'exercice de ses missions.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'agriculture.
Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.

L'agence applique le plan comptable approuvé par le ministre chargé du budget après avis des ministres chargés de l'agriculture et de la pêche et de l'Autorité des normes comptables.

Une comptabilité distincte est établie pour les dépenses communautaires.

Le compte financier de l'agence est préparé par l'agent comptable suivant les dispositions du plan comptable et conformément aux directives de l'ordonnateur. Il retrace l'ensemble des opérations, tant nationales que communautaires, enregistrées dans la comptabilité de l'agence.
Il est arrêté par l'organe délibérant et est présenté aux ministères de tutelle avant le 31 mars suivant la fin de l'exercice pour approbation en application du décret du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.

La comptabilité analytique de l'agence est tenue par l'agent comptable, selon un plan établi par le directeur général et approuvé par les ministres chargés du budget et de l'agriculture.
Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux ministres de tutelle.

L'agence utilise la méthode des charges à payer et des produits à recevoir.

Les fonds disponibles de l'agence sont déposés au Trésor. Toutefois, pour les besoins de ses opérations courantes, des comptes peuvent être ouverts dans des établissements bancaires, après autorisation préalable du ministre chargé de l'économie.

L'agence peut, avec l'autorisation des ministres chargés de l'économie, de l'agriculture et, le cas échéant, de l'outre-mer, recourir à l'emprunt.

En fin d'exercice, l'agence reverse à l'Etat les sommes recouvrées au titre des pénalités sur cautions relevant des opérations communautaires et restant acquises aux Etats membres en vertu des règlements communautaires.

Le ministre chargé du budget fixe par arrêté les conditions dans lesquelles, en application d'un plan de contrôle établi par l'agent comptable et agréé par ce ministre, l'agent comptable peut exercer par sondages le contrôle des dépenses d'intervention économique.

L'agence peut être agréée comme organisme payeur au sens des règlements (CE) n° 1258/99 et n° 1290/2005 du Conseil par arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.