La certification de troisième niveau, permettant l'utilisation de la mention “ exploitation de haute valeur environnementale ”, atteste du respect, pour l'ensemble de l'exploitation agricole, des seuils de performance environnementale portant sur la biodiversité, la stratégie phytosanitaire, la gestion de la fertilisation et de la ressource en eau, mesurés par des indicateurs composites.
Ces seuils et indicateurs sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'environnement.
Les seuils et indicateurs sont révisés au regard de l'évolution des connaissances techniques et scientifiques ainsi que de la réglementation en vigueur.
Conformément à l'article L. 611-6, l'emploi de la mention " exploitation de haute valeur environnementale ”, ou de toute autre dénomination équivalente dans la publicité ou la présentation d'une exploitation agricole ainsi que dans les documents commerciaux qui s'y rapportent, est réservé aux exploitations ayant obtenu la certification de haute valeur environnementale.
Les exploitations situées dans un autre Etat membre de l'Union européenne, dans un Etat partie à l'accord sur l'Espace économique européen ou en Turquie peuvent demander à bénéficier de cette certification.

Une amende administrative, dont le montant ne peut excéder 1 500 euros, peut être prononcée par le préfet à l'encontre de toute personne qui emploie la dénomination " exploitation de haute valeur environnementale " ou toute autre mention équivalente dans la publicité ou la présentation d'une exploitation agricole ainsi que dans les documents commerciaux qui s'y rapportent sans être titulaire de la certification de haute valeur environnementale prévue par l'article D. 617-4.