La certification de deuxième niveau, dénommée "certification environnementale de l'exploitation”, atteste du respect par l'ensemble de l'exploitation agricole des exigences environnementales figurant dans un référentiel établi par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'environnement. Ces exigences visent notamment à :
1° Identifier et protéger, sur l'exploitation, les zones les plus importantes pour le maintien de la biodiversité ;
2° Adapter l'utilisation des produits phytopharmaceutiques en fonction de la cible visée ;
3° Stocker les fertilisants et en raisonner au plus juste les apports afin de répondre aux besoins des plantes, de garantir un rendement et une qualité satisfaisants tout en limitant les fuites vers le milieu naturel ;
4° Optimiser les apports en eau aux cultures, en fonction de l'état hydrique du sol et des besoins de la plante.