Les membres du Conseil supérieur des exportations agricoles et alimentaires autres que ceux représentant l'administration et les experts permanents sont nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du commerce extérieur pour une durée de trois ans renouvelable.
Les personnes démissionnaires, décédées ou qui perdent la qualité au titre de laquelle elles sont désignées sont remplacées. Le mandat des nouveaux membres et experts permanents expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des personnes qu'ils remplacent.
Tout membre du conseil peut, en cas d'empêchement, donner pouvoir pour le représenter à un autre membre du conseil. Aucun membre ne peut détenir plus d'un pouvoir.
La présidence peut appeler toute personne extérieure au conseil à participer à ses travaux avec voix consultative.