L'observatoire économique, européenne, européenne des prix des produits agricoles et alimentaires élabore un règlement intérieur définissant les modalités de son fonctionnement ; ce règlement intérieur prévoit notamment, en tant que de besoin, la création de groupes de travail spécialisés et la participation d'experts spécialisés.
Son secrétariat est assuré par la direction générale des politiques économique, européenne et internationale au ministère de l'agriculture.