La certification d'entreprise, préalable à l'agrément mentionné au II de l'article L. 254-1, est obtenue à l'issue d'un audit réalisé par un organisme certificateur. Cet audit permet de vérifier le respect de référentiels qui précisent les conditions dans lesquelles l'activité pour laquelle l'agrément est sollicité doit être exercée , ainsi que la mise en œuvre des moyens nécessaires pour satisfaire aux obligations prévues à l'article L. 254-10-1. Lorsque la certification d'entreprise est délivrée à une personne morale, cet audit porte également sur les établissements tels que définis au III de l'article L. 254-1.

Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise les modalités d'application du présent article, notamment les référentiels nécessaires aux audits et les écarts critiques associés, conformément aux dispositions du 2° du I de l'article L. 254-2, ainsi que la nature des moyens mentionnés au premier alinéa. Cet arrêté précise également les conditions dans lesquelles est réalisée la procédure d'échantillonnage, destinée à sélectionner, le cas échéant, lesquels des établissements de la personne morale font l'objet d'un audit.