L'établissement est soumis aux dispositions du décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

Les projets d'actes et de documents émanant des centres régionaux sont soumis au contrôle financier des trésoriers-payeurs généraux territorialement compétents. Ces derniers rendent compte à l'autorité chargée du contrôle financier du Centre national de la propriété forestière selon des modalités définies dans l'arrêté de contrôle.