L'exercice budgétaire et comptable débute le 1er janvier et s'achève le 31 décembre. Le collège de l'autorité arrête le budget chaque année avant le début de l'exercice. Le budget comporte la prévision des recettes attendues et des dépenses nécessitées par l'exercice des missions confiées à l'autorité. Il peut être modifié en cours d'année. Les crédits inscrits au budget n'ont pas de caractère limitatif. Les délibérations relatives au budget et à ses modifications sont exécutoires de plein droit.

L'autorité est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

L'agent comptable est chargé de la tenue des comptabilités de l'Autorité, du recouvrement des rémunérations pour service rendu mentionnées à l'article L. 1261-19, du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.

L'ordonnateur est chargé, le cas échéant, de la comptabilité analytique. Il peut en confier la tenue à l'agent comptable.

L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président de l'autorité.

Les comptes de l'autorité sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet des adaptations nécessaires après approbation par le ministre chargé du budget et le ministre chargé des transports.

L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice et le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations.

Le compte financier est préparé et présenté par l'agent comptable, puis soumis pour approbation au collège de l'autorité par le président.

L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier et les pièces annexes au plus tard à l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice.

L'agent comptable est tenu de faire diligence pour assurer la perception par l'Autorité de toutes ses ressources.

Il adresse aux débiteurs les factures correspondantes et reçoit leurs règlements.

Tous les droits acquis au cours d'un exercice doivent être pris en compte au titre de cet exercice.

Les créances de l'autorité sont recouvrées par l'agent comptable soit spontanément, soit en exécution des instructions du président. Il procède aux poursuites.

Les poursuites engagées par l'agent comptable peuvent, à tout moment, être suspendues sur ordre écrit du président de l'autorité, si la créance est l'objet d'un litige. Le président suspend également les poursuites si, en accord avec l'agent comptable, il estime que la créance est irrécouvrable ou que l'octroi d'un délai par l'agent comptable est conforme à l'intérêt de l'autorité.

Le président peut décider, après avis conforme de l'agent comptable :

1° En cas de gêne des débiteurs, d'accorder une remise gracieuse des créances de l'autorité ;

2° Une admission en non-valeur des créances de l'autorité, en cas de caractère irrécouvrable avéré de la créance ou d'insolvabilité des débiteurs.

Le collège de l'autorité fixe le montant au-delà duquel la remise mentionnée au 1° est soumise à son approbation.

Lorsque les créances de l'autorité n'ont pu être recouvrées à l'amiable, ou n'ont pas fait l'objet d'une des mesures prévues à l'article R. 1261-15, l'agent comptable peut les recouvrer par voie de saisie administrative à tiers détenteur.

Les dispositions des articles 19 et 20 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique s'appliquent aux contrôles exercés par l'agent comptable.

L'agent comptable suspend le paiement des dépenses lorsqu'il constate, à l'occasion de l'exercice de ses contrôles, des irrégularités ou des certifications inexactes délivrées par le président. Il en informe le président.

Lorsque l'agent comptable a suspendu le paiement des dépenses, le président peut, par écrit et sous sa responsabilité, requérir l'agent comptable de payer. L'agent comptable défère à la réquisition et rend compte au ministre chargé du budget, qui transmet l'ordre de réquisition à la Cour des comptes.

Par dérogation aux dispositions du deuxième alinéa, l'agent comptable doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension du paiement est motivée par :

1° L'absence de justification du service fait ;

2° Le caractère non libératoire du règlement ;

3° Le manque de fonds disponibles.

Lorsqu'il refuse la réquisition, l'agent comptable rend immédiatement compte au ministre chargé du budget.

Toutes les dépenses sont liquidées et ordonnancées au cours de l'exercice auquel elles se rattachent.

Les dépenses de l'autorité sont réglées par l'agent comptable sur l'ordre donné par le président de l'autorité ou après avoir été acceptées par ce dernier. Les ordres de dépenses sont appuyés des pièces justificatives nécessaires, et notamment des factures, mémoires, marchés, baux ou conventions. L'acceptation de la dépense revêt la forme soit d'une mention datée et signée apposée sur le mémoire, la facture ou toute autre pièce en tenant lieu, soit d'un certificat séparé d'exécution de service, l'une ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.

L'agent comptable peut payer sans ordonnancement préalable certaines catégories de dépenses dans les conditions prévues par le règlement comptable et financier.

La liste des pièces justificatives de recettes et de dépenses est préparée par l'agent comptable et proposée par le président du collège de l'autorité à l'agrément du ministre chargé du budget. En cas de perte, destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le ministre chargé du budget peut autoriser ce dernier à pourvoir à leur remplacement.

Le contrôle de la gestion de l'agent comptable est assuré par le directeur départemental des finances publiques.

Des régies d'avances ou de recettes peuvent être créées auprès de l'autorité par décision du président sur avis conforme de l'agent comptable, dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les fonds de l'autorité sont déposés et placés dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.