L'agence est administrée par un conseil d'administration dont le président est un magistrat de l'ordre judiciaire nommé par décret.
Elle comprend des magistrats et greffiers spécialement affectés.

Les ressources de l'agence comportent :
1° Les subventions, avances et autres contributions de l'Etat et de ses établissements publics, de l'Union européenne, des collectivités territoriales, de leurs groupements et de leurs établissements publics ainsi que de toute autre personne morale publique ou privée ;
2° Les recettes fiscales affectées par la loi ;
3° Une partie, à l'exception des recettes mentionnées au présent 4°, plafonnée conformément au I de l'article 46 de la loi n° 2011-1977 du 28 décembre 2011 de finances pour 2012 des sommes confisquées gérées par l'agence ainsi que, du produit de la vente des biens confisqués lorsque l'agence est intervenue pour leur gestion ou leur vente, sauf lorsque la loi prévoit la restitution intégrale à la personne saisie de ce produit et des intérêts échus le cas échéant, et sous réserve de l'affectation de ces sommes ou de ce produit au fonds de concours recevant les recettes provenant de la confiscation des biens mobiliers ou immobiliers des personnes reconnues coupables d'infractions en matière de trafic de stupéfiants ;
4° Les recettes provenant de la confiscation des biens et produits prévue au 1° de l'article 225-24 du code pénal ;
5° Le produit des dons et legs.

Les modalités d'application du présent chapitre sont fixées par décret en Conseil d'Etat.