L'Agence nationale de la recherche est administrée par un conseil d'administration, présidé par le président de l'agence.
L'agence comprend des départements scientifiques.

Le conseil d'administration de l'Agence nationale de la recherche comprend dix-neuf membres, outre le président :
1° Six représentants de l'Etat :
a) Deux représentants du ministre chargé de la recherche ;
b) Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
c) Deux représentants du ministre chargé de l'industrie ;
d) Un représentant du ministre chargé du budget ;
2° Six personnalités qualifiées représentant les grands domaines scientifiques, dont au moins une est issue de la Conférence des chefs d'établissements de l'enseignement supérieur mentionnée à l'article L. 233-1 du code de l'éducation ;
3° Quatre personnalités qualifiées du monde socio-économique choisies en raison de leurs compétences dans le domaine de la recherche et du développement technologique ;
4° Le vice-président du Conseil stratégique de la recherche mentionné à l'article L. 120-1 du présent code ;
5° Deux représentants des personnels, ainsi que leurs suppléants, élus pour une durée de trois ans par les personnels de l'agence, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche.
Les personnalités qualifiées mentionnées au 2° et au 3° sont nommés dans les conditions prévues à l'article 52 de la loi n° 2012-347 du 12 mars 2012 relative à l'accès à l'emploi titulaire et à l'amélioration des conditions d'emploi des agents contractuels dans la fonction publique, à la lutte contre les discriminations et portant diverses dispositions relatives à la fonction publique.
Les membres du conseil d'administration sont nommés pour trois ans par arrêté du ministre chargé de la recherche. Un suppléant est désigné dans les mêmes conditions pour chacun des membres mentionnés au 1° et au 2°. L'écart entre le nombre total des administrateurs de chaque sexe, mentionnés au 2° et au 3°, ne peut être supérieur à deux.
Les administrateurs mentionnés aux 2°, 3° et 5° ne peuvent exercer plus de deux mandats consécutifs.
Toute vacance donne lieu à remplacement, dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Les membres du conseil d'administration déclarent les fonctions qu'ils occupent ainsi que les mandats ou les intérêts qu'ils détiennent dans les organismes qui bénéficient ou ont vocation à bénéficier des concours financiers accordés par l'agence. Ces déclarations sont faites au président du conseil d'administration et, pour le président de l'agence, au ministre chargé de la recherche.
Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre part à une délibération lorsqu'ils ont un intérêt personnel direct ou indirect à l'affaire qui en est l'objet.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour. Il est également convoqué par son président à la demande du ministre chargé de la recherche ou de la majorité de ses membres, sur un ordre du jour déterminé.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué, à la demande du ministre chargé de la recherche, par le directeur général délégué chargé de l'administration. Le conseil d'administration est alors présidé par le représentant du ministre chargé de la recherche.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente, représentée ou participe à la séance dans les conditions prévues par le décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont adoptées à la majorité des voix des membres participant à la délibération dans les conditions prévues au premier alinéa, sauf pour ce qui concerne le règlement intérieur de l'établissement, qui est adopté à la majorité absolue des membres du conseil. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Un membre du conseil d'administration qui n'a pas de suppléant ou dont le suppléant est indisponible peut donner mandat, par écrit, à un autre membre pour le représenter à une séance. Nul ne peut détenir plus d'un mandat.
Le ou les directeurs généraux délégués de l'établissement, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable, ainsi que le président du conseil d'administration de Bpifrance ou son représentant et le secrétaire général pour l'investissement ou son représentant, assistent au conseil d'administration avec voix consultative.
Le président du conseil d'administration peut inviter à assister à une séance toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Le contrat pluriannuel avec l'Etat prévu à l'article L. 329-2 et le rapport annuel d'exécution de son plan d'action ;
2° Les orientations de son plan d'action annuel, qui comprend notamment la mise en œuvre des dispositions des articles L. 329-4 et L. 329-5, et de la politique d'allocation et de gestion des aides ;
3° L'organisation générale des services et le règlement intérieur de l'établissement, qui fixe notamment les conditions d'application de l'article R. 329-6 ;
4° Les conditions générales d'emploi et de rémunération des agents contractuels ;
5° Le budget et les décisions modificatives ;
6° Le compte financier, l'affectation des résultats et l'utilisation du fonds de réserve ;
7° Les conditions générales de passation des conventions et marchés, notamment des conventions passées par l'établissement avec les organismes choisis pour assurer la gestion scientifique, administrative et financière de certains appels d'offres ;
8° Les principes de la tarification des prestations et services de toute nature rendus par l'établissement ;
9° Les baux, acquisitions et aliénations d'immeubles ;
10° Les emprunts ;
11° La participation de l'établissement à des groupements d'intérêt public et à toute autre structure dotée de la personnalité juridique ;
12° L'acceptation des dons et legs ;
13° Les actions en justice et les transactions ;
14° Le rapport annuel sur l'activité et le fonctionnement administratif et financier de l'établissement ;
15° La création, au sein de l'établissement, de tout comité nécessaire à l'accomplissement de ses missions parmi lesquels un comité d'audit ;
16° Les règles de déontologie qui s'appliquent aux organes de l'établissement, à ses agents et aux organismes mentionnés au 7°, afin de garantir leur indépendance et leur impartialité.
Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par son président ou le ministre chargé de la recherche.
Le conseil d'administration peut déléguer au président, dans les limites qu'il détermine, les pouvoirs qu'il détient en application des 9°, 11°, 12° et 13°. Le président lui rend compte, lors de la plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux deuxième et troisième alinéas sont exécutoires quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la recherche s'il n'a pas fait connaître d'observations dans ce délai. Il en est de même des décisions prises par le président de l'agence sur délégation du conseil d'administration. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche peut autoriser leur exécution immédiate.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles font l'objet d'une approbation expresse par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la recherche.

Le président de l'Agence nationale de la recherche assure la direction générale de l'établissement.
Il est assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués et d'un comité de pilotage scientifique.
Le président de l'agence nomme les directeurs généraux délégués pour une durée de cinq ans renouvelable. L'un au moins des directeurs généraux délégués est chargé de l'administration.

Le président de l'Agence nationale de la recherche est choisi parmi les personnalités du monde scientifique et technique. Il est nommé par décret pris sur proposition du ministre chargé de la recherche pour une durée de cinq ans renouvelable une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures et l'avis d'une commission d'examen des candidatures dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article R. 329-13.
En cas de vacance de la présidence, un nouveau président est nommé pour la durée du mandat restant à courir. Lorsque cette durée est inférieure ou égale à un an, il peut être nommé pour deux autres mandats consécutifs.

La commission d'examen des candidatures, mentionnée à l'article R. 329-12, est composée de quatre ou six personnalités choisies en raison de leur compétence dans le domaine de la recherche et du développement technologique, parmi lesquelles un président, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche. Elle comprend un nombre égal de femmes et d'hommes.
Après examen des dossiers de candidature transmis à chacun de ses membres par le ministre chargé de la recherche, la commission sélectionne les candidats qu'elle auditionnera, dans la limite de quatre. En cas de partage égal des voix sur le choix de ces candidats, celle du président de la commission est prépondérante.
La commission transmet au ministre chargé de la recherche un rapport écrit motivant l'avis porté sur chacun des candidats auditionnés.
Les débats de la commission sont confidentiels.
Le mandat des membres de la commission cesse de plein droit à compter de la date de nomination du président.
Les membres de la commission exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le président de l'Agence nationale de la recherche :
1° Fixe l'ordre du jour, prépare les délibérations du conseil d'administration et assure leur exécution ;
2° Prépare et exécute le budget et ses modifications ;
3° Est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° A autorité sur les services de l'établissement et assure le respect du règlement intérieur ;
5° Recrute les personnels contractuels, gère et affecte dans les différents services l'ensemble des personnels de l'établissement ;
6° Conclut les conventions et marchés dans les conditions définies par le conseil d'administration conformément au 7° de l'article R. 329-9 ;
7° Fixe le prix des prestations et services rendus par l'établissement ;
8° Prend les décisions d'attribution des subventions de l'Etat dans les conditions définies par le conseil d'administration sur le fondement du 2° de l'article R. 329-9 ;
9° Représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Il établit chaque année un rapport d'activité qu'il soumet à l'approbation du conseil d'administration et qu'il adresse à l'autorité de tutelle, ainsi qu'un rapport d'exécution de la programmation qui est transmis par le ministre chargé de la recherche au Conseil stratégique de la recherche.
Pour les actes accomplis en tant que personne responsable des marchés, il peut déléguer sa signature aux responsables des services placés sous son autorité. Pour les autres actes, il peut déléguer sa signature à toute personne placée sous son autorité.