Le président de l'Agence nationale de la recherche est choisi parmi les personnalités du monde scientifique et technique. Il est nommé par décret pris sur proposition du ministre chargé de la recherche pour une durée de cinq ans renouvelable une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures et l'avis d'une commission d'examen des candidatures dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article R. 329-13.

En cas de vacance de la présidence, un nouveau président est nommé pour la durée du mandat restant à courir. Lorsque cette durée est inférieure ou égale à un an, il peut être nommé pour deux autres mandats consécutifs.