Chaque commission pédagogique nationale est présidée par l'un de ses membres, choisi alternativement dans le collège des employeurs et dans celui des salariés. La première présidence est déterminée par tirage au sort.

Le président est assisté d'un vice-président appartenant à l'autre collège.

Chaque commission désigne un ou plusieurs secrétaires parmi les membres des autres collèges.