Les préfets sont institués ordonnateurs secondaires pour le paiement des dépenses auxquelles donne lieu l'application des textes réglant les rapports entre l'Etat et les établissements d'enseignement privés.

Les préfets peuvent déléguer leur signature soit au recteur d'académie, soit au directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie.

Les administrateurs généraux des finances publiques sont comptables assignataires des dépenses mentionnées à l'article R. 442-9.

La rémunération des maîtres contractuels ou agréés et des maîtres délégués exerçant leur enseignement dans les classes placées sous le régime de l'association ou sous le régime du contrat simple est mandatée mensuellement et à terme échu, selon les règles applicables au paiement des traitements des maîtres de l'enseignement public.
A l'appui du premier mandat de rémunération adressé au directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques sont jointes les pièces justificatives suivantes, établies en triple exemplaire :
1° La fiche d'identification du maître comportant notamment les renseignements d'état civil et de situation de famille ainsi que les éléments de base de rémunération. Cette fiche est signée par le maître, attestée par le chef d'établissement et visée par l'ordonnateur ;
2° La copie du contrat individuel ou de la décision portant agrément du maître ou, le cas échéant, copie de la délégation rectorale s'il s'agit d'un maître délégué ;
3° Le cas échéant, l'état signé par le chef d'établissement et visé par l'ordonnateur, faisant apparaître, pour chaque maître n'assurant pas un service complet, le nombre d'heures d'enseignement assuré ;
4° Le cas échéant, le relevé signé par le chef d'établissement et visé par l'ordonnateur des journées d'absence ou de congé non rémunérées.
Copie certifiée de tout acte, contrat, décision ou déclaration portant modification des documents énumérés ci-dessus est annexée, en triple exemplaire, au mandat de paiement correspondant.
En outre, la copie certifiée par l'ordonnateur du contrat simple ou du contrat d'association conclu avec l'établissement est produite par l'ordonnateur ou comptable assignataire.

Les heures supplémentaires de remplacement, de suppléance ou d'enseignement partiel effectuées dans les conditions prévues à l'article R. 914-85 font l'objet de mandatements distincts. A l'appui de chaque mandat sont jointes, en triple exemplaire, les pièces justificatives suivantes :

1° La décision du recteur d'académie autorisant le bénéficiaire à effectuer des heures supplémentaires de remplacement, de suppléance ou d'enseignement partiel ;

2° Le décompte des heures effectuées signé par l'intéressé, attesté par le chef d'établissement et visé par l'ordonnateur.

Le remboursement total ou partiel des charges sociales et fiscales, prévu par aux articles R. 914-90 et R. 914-91, fait l'objet d'un titre de perception établi par l'ordonnateur. Ce titre de perception est recouvré par l'administrateur général des finances publiques assignataire des dépenses et imputé au compte Dépenses des ministères annulées par suite de reversements de fonds .

Le forfait d'externat prévu au deuxième alinéa de l'article L. 442-9 est mandaté trimestriellement et à terme échu.
A l'appui du mandat afférent au premier trimestre de l'année scolaire sont jointes, en triple exemplaire, les pièces justificatives suivantes :
1° L'état nominatif des élèves inscrits au 15 novembre de chaque année dans les classes placées sous contrat. Cet état est signé par le chef d'établissement et visé par l'ordonnateur ;
2° La déclaration du chef d'établissement faisant connaître, le cas échéant, le montant de la participation allouée par les collectivités locales.
En cas de changement au cours des trimestres suivants, un état modificatif, en triple exemplaire, est joint aux mandatements ultérieurs.

Le contrôle administratif des établissements d'enseignement placés sous le régime du contrat simple ou du contrat d'association incombe à l'inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche ainsi qu'au recteur d'académie conformément aux règles applicables dans l'enseignement public.
Ce contrôle est exercé dans le secteur sous contrat de l'établissement. Il porte sur l'observation des textes législatifs et réglementaires applicables à l'établissement et sur l'accomplissement des engagements souscrits par celui-ci.
Les inspecteurs généraux de l'éducation, du sport et de la recherche disposent des pouvoirs d'investigation financière nécessaires à l'accomplissement de cette mission.

Le contrôle budgétaire des établissements d'enseignement placés sous le régime du contrat simple ou du contrat d'association incombe au directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques du département du siège de l'établissement, en liaison avec les inspecteurs généraux de l'éducation, du sport et de la recherche et les services académiques. Il est exercé dans les conditions définies aux articles R. 442-17 à R. 442-21.
Les établissements mentionnés au premier alinéa sont également soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances.

Le contrôle exercé par le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques a pour objet de :

1° Vérifier l'exactitude des divers éléments pris en compte dans les mandatements énumérés aux articles R. 442-11, R. 442-12 et R. 442-14 ;

2° S'assurer que les contributions demandées aux familles des externes simples des classes placées sous contrat d'association sont conformes aux clauses du contrat ;

3° Vérifier la conformité de l'utilisation par l'établissement de la contribution de l'Etat prévue aux articles L. 442-9 et R. 442-45 à R. 442-47 ;

4° Déterminer si le taux de réduction des redevances de scolarité, tel qu'il est prévu à l'article R. 442-52, correspond effectivement à la prise en charge par l'Etat des traitements des maîtres agréés.

Pour l'exercice du contrôle budgétaire prévu aux articles R. 442-9 à R. 442-17, les établissements sont tenus :
1° De conserver et de présenter à toute réquisition du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques ou de son délégué copie de toutes les pièces justificatives énumérées aux articles R. 442-11, R. 442-12 et R. 442-14 ;
2° D'adresser au directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques, dans les trois mois suivant la clôture de l'exercice, les comptes de résultats de l'exercice écoulé. Si l'établissement titulaire d'un contrat a bénéficié de ressources afférentes à la taxe d'apprentissage, l'emploi de ces ressources doit être retracé en détail sous une rubrique spéciale.

Les établissements placés sous contrat d'association sont tenus d'organiser leur comptabilité de manière telle que celle-ci fasse apparaître distinctement pour le secteur de l'établissement placé sous le régime du contrat :
1° Les charges et les produits de l'exercice ;
2° Les résultats ;
3° La situation des immobilisations et le tableau des amortissements correspondants.
Cette comptabilité, qui est tenue à la disposition du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques ou de son délégué, s'inspire du plan comptable général approuvé par arrêté du 22 juin 1999 du ministre de la justice, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget.

Le rapport de vérification du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques est communiqué au chef de l'établissement, qui doit produire ses observations dans un délai d'un mois.
Passé ce délai, un exemplaire de ce rapport, complété le cas échéant par les observations du chef d'établissement et par les nouvelles observations du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques, est adressé au ministre chargé de l'éducation par l'intermédiaire du recteur d'académie.
Un autre exemplaire est adressé au ministre chargé du budget.

Lorsque le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques constate des manquements graves aux clauses financières du contrat simple ou du contrat d'association, il suspend le paiement des mandats établis au bénéfice de l'établissement si la direction de celui-ci est en cause, ou le paiement des rémunérations des maîtres reconnus responsables des manquements constatés.
Le paiement ne peut ensuite intervenir que sur réquisition de l'ordonnateur.