Les membres de la Commission spéciale de la taxe d'apprentissage et les rapporteurs bénéficient du remboursement de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées pour la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat lorsqu'ils sont à la charge des budgets de l'Etat, des établissements publics nationaux à caractère administratif et de certains organismes subventionnés.

Les membres non fonctionnaires de la commission perçoivent, à raison de leur participation aux travaux de la commission, une indemnité forfaitaire dont le taux est fixé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'éducation et du ministre chargé du budget.

Les rapporteurs bénéficient d'allocations forfaitaires dont le taux est fixé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'éducation, du ministre chargé de la fonction publique et du ministre chargé du budget.