Pour être agréé conformément à l'article 1er du présent arrêté, l'exploitant de l'établissement dépose auprès du directeur départemental des services vétérinaires du lieu d'implantation de l'établissement une demande d'agrément selon le modèle figurant en annexe I du présent arrêté.
Cette demande est accompagnée d'un dossier d'agrément composé des pièces définies à l'annexe II du présent arrêté (sans préjudice des autres documents demandés, notamment à l'article 7 et à l'annexe II du règlement [CE] n° 183/2005 susvisé). Les exploitants des établissements tiennent à jour une copie de ce dossier d'agrément et la mettent à la disposition des services de contrôle sur le site. Les pièces sont conservées pendant une durée minimale de cinq ans.

L'agrément est délivré par l'autorité administrative compétente du département d'implantation, sur proposition du directeur départemental des services vétérinaires.
Il ne peut être accordé qu'aux établissements dont le dossier d'agrément est complet et jugé recevable, et pour lesquels la conformité aux conditions sanitaires des installations, des équipements, du fonctionnement et du transport fixées par la réglementation a été constatée sur place par le directeur départemental des services vétérinaires.
L'instruction du dossier d'agrément se fait conformément aux dispositions prévues à l'article 13 du règlement (CE) n° 183/2005 susvisé.
Conformément à l'article 17 du règlement (CE) n° 183/2005 susvisé, dans le cas où un établissement exerce exclusivement une activité de cession à titre gratuit ou onéreux des aliments pour animaux, sans pour autant les détenir physiquement dans ses locaux, l'agrément peut être accordé sans visite sur place, pour autant que l'exploitant joigne au dossier d'agrément visé à l'article 3 une déclaration selon le modèle présenté en annexe III du présent arrêté.

L'agrément délivré porte une référence au règlement (CE) n° 183/2005 susvisé, à l'article L. 235-1 du code rural, et, le cas échéant, au règlement (CE) n° 141/2007 susvisé. Il précise les catégories de produits et le type d'activité pour lesquels il est accordé. Il attribue un numéro d'agrément à l'établissement selon la codification suivante :
- le caractère ;
- le code FR ;
- le numéro d'identification.
Le numéro d'identification est composé dans l'ordre :
- du numéro de codification du département ;
- du numéro de codification de la commune, ou, pour Paris, Lyon et Marseille, de l'arrondissement ;
- du numéro d'ordre de l'établissement dans la commune, ou, pour Paris, Lyon et Marseille, dans l'arrondissement.

L'exploitant d'un établissement agréé est tenu d'informer au préalable le directeur départemental des services vétérinaires de son lieu d'implantation de toute modification de cet établissement, en particulier : la fabrication, la commercialisation ou la distribution d'une nouvelle catégorie de produit entrant dans le champ de l'agrément mais ne figurant pas dans l'agrément en cours, toute modification importante dans l'installation des locaux, de leur aménagement, des principaux équipements ou de leur affectation, une modification importante des procédures de maîtrise des points critiques. Il transmet à cet effet au directeur départemental des services vétérinaires du lieu d'implantation les pièces nécessaires pour la mise à jour du dossier d'agrément.
L'agrément est, le cas échéant, modifié selon les conditions définies à l'article 4, notamment si l'établissement a démontré ses capacités à se livrer à une nouvelle activité.

A tout moment conformément à l'article L. 235-1 du code rural, en cas de constat de manquement aux dispositions des législations communautaire, nationale ou de réglementations prises pour leur application, en termes d'hygiène, de commercialisation des aliments pour animaux notamment, ou en l'absence d'actualisation des pièces essentielles constitutives du plan de maîtrise sanitaire mentionné à l'annexe II du présent arrêté, l'agrément peut être, après mise en demeure, suspendu, voire retiré, selon les dispositions prévues aux articles 14 et 15 du règlement (CE) n° 183/2005 susvisé, par l'autorité administrative compétente du département d'implantation sur proposition du directeur départemental des services vétérinaires.

La liste des établissements agréés avec leur numéro d'agrément est rendue publique par le ministère en charge de l'agriculture. Les modifications, suspensions et retraits d'agrément sont également rendus publics.