L'institut est administré par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil d'enseignement.
Il est dirigé par un directeur.

Le conseil d'administration de l'institut comprend dix-neuf membres. Il est composé, outre son président :
1° De trois membres de droit :
a) Le directeur général de l'enseignement scolaire du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou son représentant ;
b) Le directeur général de l'enseignement supérieur du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou son représentant ;
c) Le directeur général de la recherche et de l'innovation du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou son représentant ;
2° D'un député et d'un sénateur ;
3° De six représentants de l'Etat, nommés respectivement par le ministre de l'intérieur, le ministre des affaires étrangères, le ministre de la défense, le ministre chargé du budget, le ministre chargé de la fonction publique et le ministre chargé de l'industrie ;
4° Du président de l'association des anciens auditeurs ;
5° De six personnalités qualifiées parmi lesquelles :
a) Quatre membres désignés par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche pour leur compétence scientifique, leur compétence d'administrateur de la recherche publique ou privée ou pour leurs responsabilités dans la société civile ;
b) Deux anciens auditeurs désignés par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche sur proposition du directeur de l'institut.

Les membres mentionnés aux 2°, 3° et 5° de l'article 7 sont nommés pour une durée de trois ans. Leur mandat est renouvelable.
En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, il est immédiatement pourvu dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir de la personne remplacée.

Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le président du conseil d'administration est choisi à raison de ses qualités scientifiques éminentes. Il est nommé par décret sur proposition des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche. Son mandat est de trois ans. Il est renouvelable une fois.
La limite d'âge du président est fixée à soixante-dix ans.

Le conseil d'administration se réunit, sur convocation de son président, au moins deux fois par an, et sur la demande des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou sur celle des deux tiers de ses membres.
Le président fixe l'ordre du jour des séances. Toute autre question est inscrite à l'ordre du jour sur demande du tiers des membres du conseil d'administration.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours ; les délibérations sont alors valables quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Un membre du conseil d'administration peut donner, par écrit, mandat à un autre membre pour le représenter à une séance. Nul ne peut détenir plus d'un mandat.
Il est établi un procès-verbal de chaque séance, signé par le président et le secrétaire de séance. Le procès-verbal est adressé sans délai aux ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Le directeur de l'institut, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative.
Le président du conseil d'administration peut inviter à assister à tout ou partie des séances du conseil d'administration toute personne dont la présence lui paraît utile.

Le conseil d'administration détermine par ses délibérations les orientations générales de l'activité et de la gestion de l'établissement.

Il délibère notamment sur :

1° L'organisation générale de l'établissement et le règlement intérieur ;

2° Le budget et les décisions modificatives ;

3° Le compte financier et l'affectation des résultats ;

4° L'acceptation des dons et legs ;

5° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;

6° Les principes de la tarification des prestations et services de toute nature rendus par l'établissement ;

7° Les règles générales de passation des conventions ;

8° La création de filiales, la participation à des groupements d'intérêt public ou à toutes formes de groupement public ou privé ;

9° Le rapport annuel du directeur sur l'activité et le fonctionnement administratif et financier de l'établissement ;

10° Les programmes de l'institut ;

11° Les mesures à prendre en matière de propriété intellectuelle et de propriété industrielle ;

12° Les conditions d'emploi et de recrutement des personnels contractuels ;

13° Les actions en justice ;

14° Les transactions.

D'une façon générale, le conseil d'administration se prononce sur toute question qui lui est soumise par son président ou par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles sont exécutoires dans les mêmes conditions.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche s'ils n'ont pas fait connaître d'observations dans ce délai. Il en est de même des décisions prises par le directeur sur délégation du conseil d'administration.
Les délibérations portant sur le budget ou ses modifications ainsi que sur le compte financier et l'affectation des résultats mentionnées respectivement aux 2° et 3° de l'article 12 sont approuvées par les ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche et le ministre chargé du budget dans les conditions fixées par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Pour être exécutoires, les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles mentionnées au 5° du même article doivent faire l'objet d'une approbation expresse par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche et du ministre chargé du budget.

Le directeur de l'institut est nommé pour trois ans, par décret sur proposition des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche, après avis du président du conseil d'administration. Il peut être renouvelé deux fois.

Le directeur dirige l'institut dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration. Il rend compte chaque année de sa gestion au conseil d'administration. Il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par le présent décret, et notamment :
1° Il arrête l'organisation et les règles de fonctionnement de l'établissement ;
2° Il prépare et exécute les décisions du conseil d'administration ;
3° Il représente l'institut en justice et dans les actes de la vie civile ;
4° Il prépare et exécute le budget ;
5° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
6° Il conclut les conventions. Il en rend compte au conseil d'administration ;
7° Il a autorité sur l'ensemble des personnes suivant les différents cycles de formation ;
8° Il a autorité sur les personnels affectés à l'institut, à l'exception de l'agent comptable ;
9° Il pourvoit aux emplois et fonctions de l'établissement ;
10° Il prépare et soumet au conseil d'administration les projets de recommandations tendant à promouvoir les enseignements sur les rapports entre la science et la société.
Le directeur de l'institut peut déléguer sa signature à toute personne placée sous son autorité.

Le conseil scientifique est composé de douze à vingt personnalités désignées par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche, en raison de leur compétence.
Il est présidé par le président du conseil d'administration. Le directeur de l'institut assiste à ses réunions.
Le conseil scientifique est consulté par le conseil d'administration sur les grandes orientations de l'établissement, notamment en matière pédagogique, sur la programmation à trois ans et sur le choix des personnes intervenant dans les sessions.
Il évalue la formation et les intervenants, en lien avec les auditeurs.
Il apporte son expertise sur les rapports de la science et de la société et sur le développement d'une culture scientifique, technique et de l'innovation.

Le conseil d'enseignement, présidé par le directeur de l'institut, est consulté sur :
1° L'organisation des enseignements et des études ;
2° Le recrutement des auditeurs ;
3° L'évaluation du travail des auditeurs.
Il contribue à l'animation du réseau des anciens auditeurs.
La composition et les modalités de fonctionnement du conseil d'enseignement sont fixées par le règlement intérieur.

Le personnel de l'institut comprend des fonctionnaires, militaires ou magistrats détachés, en disponibilité, hors cadres ou mis à sa disposition, ainsi que des agents contractuels, recrutés dans les conditions de la loi du 11 janvier 1984 susvisée.
Les conditions de mise à disposition des personnels contractuels sont précisées par des conventions conclues à cet effet.