Le comité de direction se réunit ordinairement à date fixe une fois par semaine et, en cas d'urgence, sur la convocation de son président ou à la demande d'un de ses membres.

Le Conseil général vétérinaire tient des sessions mensuelles aux dates fixées par le ministre ou par son vice-président par délégation du ministre.
Le déroulement des sessions ordinaires du conseil comprend une réunion des membres permanents, les réunions des sections et une assemblée plénière.
L'assemblée plénière peut être réunie en dehors des sessions par convocation du vice-président ou à la demande de la majorité des membres du conseil.
Le vice-président peut inviter des personnalités extérieures au conseil.

Les sections et la commission se réunissent au moins une fois par mois à l'occasion de la session du conseil général.
Elles peuvent se réunir à tout moment sur convocation du président ou à la demande de la majorité de leurs membres.
Les présidents de sections ou de commissions rendent compte de leurs activités au vice-président à l'occasion des réunions du comité de direction.

Les avis demandés au Conseil général sont élaborés après examen des problèmes posés par les sections compétentes, sous l'autorité du président de section, qui apprécie dans quelles conditions doit être préparé l'avis compte tenu notamment de son urgence.
L'avis exprimé par une section est transmis au vice-président du conseil par le président de section, accompagné du rapport ayant servi de base à la rédaction de cet avis.
La suite à réserver à cet avis est étudiée par le comité de direction.
Pour conduire les travaux de leur section, les présidents sont assistés d'un groupe restreint d'inspecteurs généraux membres de leur section. Ils peuvent s'appuyer, le cas échéant, sur les travaux et avis formulés par les commissions et les groupes de travail spécialisés.
Si une affaire relève de la compétence de plusieurs sections, elle est soumise à un groupe comprenant des représentants des sections concernées, placé sous l'autorité du président de la section la plus compétente, si nécessaire désigné par le vice-président.

Pour chaque affaire ayant donné lieu à délibération, le vice-président transmet au ministre ainsi qu'aux autorités requérantes l'avis motivé du conseil général, accompagné du compte rendu de la délibération et des conclusions de l'inspecteur général rapporteur. Le compte rendu mentionne, entre autres, les observations dont les membres du conseil demandent l'inscription.
Le vice-président peut, pour toutes les questions importantes étudiées par le conseil de sa propre initiative, transmettre au ministre l'avis formulé.

Le Conseil général rédige, afin d'expliciter les modalités de son fonctionnement, un règlement intérieur qui est approuvé par le ministre chargé de l'agriculture.

Les dispositions antérieures, et notamment celles de l'arrêté du 4 juin 1986 pris en application du décret n° 86-199 du 11 février 1986 relatif au fonctionnement du Conseil général vétérinaire, sont abrogées.