La chancellerie est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

La chancellerie dispose d'un budget.

Elle peut également être dotée de budgets annexes en vue d'assurer :

- la gestion des prestations de services à titre onéreux ;

- l'exécution des opérations et la réalisation de prestations qui lui sont confiées par l'Etat, par un ou plusieurs établissements publics, conformément aux articles 2 et 2-1 du présent décret ;

- la gestion des dons et legs assortis de conditions, de charges ou d'affectation immobilière.

La création d'un budget annexe est décidée par délibération du conseil d'administration de la chancellerie.

Le budget annexe est soumis aux mêmes règles de préparation, de vote et d'exécution que le budget de la chancellerie.

La chancellerie est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements publics autonomes de l'Etat. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité. Les conditions d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget.