La chancellerie est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements publics autonomes de l'Etat. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité. Les conditions d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget.