Le directoire établit un règlement intérieur qui organise son fonctionnement.

Les membres du directoire peuvent, avec l'autorisation du conseil de surveillance, se répartir les tâches de la direction. Toutefois, cette répartition ne peut, en aucun cas, avoir pour effet de retirer au directoire son caractère d'organe assurant collégialement la direction de la Société du Canal Seine-Nord Europe.

Les décisions du directoire sont prises à la majorité des membres présents, le directoire ne délibérant valablement que si au moins deux de ses membres sont présents, dont le président ou son suppléant désigné dans les conditions de l'article 23.

En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Les décisions du directoire sont constatées par des procès-verbaux conservés dans un registre spécial. Ces procès-verbaux sont signés par le président et tenus à disposition des membres du conseil de surveillance et du préfet de la région Hauts-de-France.