L'exploitant prend toutes les dispositions nécessaires dans la conception, l'exploitation et l'entretien des installations de manière à limiter les émissions de toute nature notamment par la mise en œuvre de technologies propres, des meilleures techniques disponibles, du développement de techniques de valorisation, de la collecte sélective et du traitement des effluents en fonction de leurs caractéristiques et de la réduction des quantités rejetées en optimisant notamment l'efficacité énergétique.
Les installations de traitement sont conçues, exploitées et entretenues de manière à réduire au minimum la durée d'indisponibilité pendant laquelle elles ne peuvent assurer pleinement leur fonction.
A terre, les effluents, issus des activités du site ou sortant des installations d'épuration internes et collectés par des réseaux conçus pour évacuer séparément chacune des diverses catégories d'effluents, sont soit rejetés en milieu naturel après un traitement adéquat et après autorisation du préfet conformément aux dispositions des articles L. 541-1 et suivants du code de l'environnement, soit stockés sur place avant traitement.
Lorsque les effluents sont stockés sur le site avant traitement, ils sont dirigés vers des centres de traitement appropriés et dûment autorisés à les recevoir.
En mer, les effluents sont collectés et stockés en vue de leur traitement sur place ou sur la terre ferme. Pour ce faire, l'exploitant fournit au préfet une étude technico-économique qui justifie le mode de traitement prévu et la destination des effluents traités.

L'exploitant met en place, conformément aux dispositions de l'article R. 541-43 du code de l'environnement, un registre de suivi des déchets. Ce registre porte sur l'ensemble des déchets, les quantités de déchets produites ainsi que sur les filières d'élimination retenues.
L'exploitant établit par ailleurs des procédures ou consignes permettant la maîtrise de la production de déchets et de leur traçabilité.
L'exploitant tient à jour le registre de suivi des déchets, les procédures ou consignes établis ainsi que les justificatifs devant être mis à disposition du préfet.