Le régime financier et comptable de l'Ecole nationale supérieure maritime est fixé par les articles L. 719-4 à L. 719-5 et R. 719-51 à R. 719-109-1 du code de l'éducation.

Les droits de scolarité des élèves en formation initiale pour les diplômes nationaux auxquels l'école prépare sont fixés par un arrêté conjoint des ministres chargés de la mer et du budget.

L'école est soumise au contrôle budgétaire a posteriori prévu par l'article L. 719-9 du code de l'éducation. Ce contrôle est exercé par le directeur des finances publiques de la région du siège de l'établissement.

Les recettes de l'école comprennent notamment :

1° Les subventions de l'Etat, des collectivités publiques et tout organisme public ou privé, français, étranger ou international ;

2° Le produit des droits d'inscription, de scolarité, d'examen et de concours ;

3° Les coûts pédagogiques acquittés par les élèves, étudiants et stagiaires ;

4° Les ressources provenant de ses actions de formation, des congrès, colloques et manifestations qu'elle organise et des prestations de services qu'elle effectue ;

5° Les produits des travaux de recherche, de développement et d'application correspondant aux contrats qu'elle exécute, à l'exploitation et à la cession de brevets et aux publications qu'elle édite ;

6° Les recettes provenant du produit des dons et legs et de la participation des employeurs au financement des premières formations technologiques et professionnelles ou des formations professionnelles continues ;

7° Les revenus des biens meubles et immeubles ;

8° De manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'école comprennent :

1° Les dépenses correspondant aux rémunérations et aux charges sociales du personnel ;

2° Les dépenses d'équipement, de fonctionnement, d'entretien et de sécurité ;

3° Le versement des bourses aux élèves bénéficiaires ;

4° D'une manière générale, toute dépense nécessaire aux activités de l'école.

L'agent comptable de l'Ecole nationale supérieure maritime est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la mer et du budget.
Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées selon les dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.