Sous réserve des dispositions législatives et réglementaires, le règlement intérieur précise les règles de fonctionnement et d'administration de l'école. Il fixe les règles de quorum, les modalités de délibérations des conseils et de la commission de la recherche, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils et de la commission de la recherche, ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leur président respectif.

La règle de quorum, fixée par le règlement intérieur, se définit comme le nombre de membres présents ou participant à la séance par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant l'identification de ses membres et leur participation effective à une délibération collégiale.

Le règlement intérieur fixe les règles de publicité des comptes rendus des séances et des délibérations du conseil d'administration, de la commission de la recherche, du conseil des études et du conseil de perfectionnement.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration, de la commission de la recherche, du conseil des études et du conseil de perfectionnement est de quatre ans à compter de la date d'installation de ceux-ci, à l'exception de celle des représentants des élèves, qui est d'un an. Leur mandat est renouvelable une fois. Tout mandat exercé pendant une durée supérieure à dix-huit mois vaut mandat plein pour l'exercice de cette clause de renouvellement.

Le ministre chargé de la mer peut proroger le mandat des membres du conseil d'administration, sur proposition de son président, pour une durée maximale d'un an.

Tout membre d'un conseil qui n'est pas présent ou représenté à trois séances consécutives peut être déclaré démissionnaire à la majorité des autres membres composant le conseil auquel il appartient. Il est remplacé dans les meilleurs délais.

Les membres des conseils et de la commission de la recherche exercent leurs fonctions à titre gratuit sous réserve du remboursement de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Les élections aux différents conseils et commission ont lieu au scrutin plurinominal à un tour. Toutefois, les élections visant à pourvoir un seul siège ont lieu au scrutin uninominal majoritaire à un tour.

Un arrêté du ministre chargé de la mer précise les conditions d'exercice du droit de suffrage, les conditions d'éligibilité et les modalités de déroulement, de régularité des scrutins et de recours contre les élections.