Les décisions des présidents des universités et des présidents ou directeurs des autres établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel ainsi que les délibérations des conseils entrent en vigueur sans approbation préalable, à l'exception des délibérations relatives aux emprunts, prises de participation et créations de filiales mentionnées à l'article L. 719-5 et sous réserve des dispositions du décret prévu à l'article L. 719-9. Toutefois, les décisions et délibérations qui présentent un caractère réglementaire n'entrent en vigueur qu'après leur transmission au recteur de région académique, chancelier des universités.

Le chancelier peut saisir le tribunal administratif d'une demande tendant à l'annulation des décisions ou délibérations des autorités de ces établissements qui lui paraissent entachées d'illégalité. Le tribunal statue d'urgence. Au cas où l'exécution de la mesure attaquée serait de nature à porter gravement atteinte au fonctionnement de l'établissement, le chancelier peut en suspendre l'application pour un délai de trois mois.

En cas de difficulté grave dans le fonctionnement des organes statutaires des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel ou de défaut d'exercice de leurs responsabilités, le ministre chargé de l'enseignement supérieur peut prendre, à titre exceptionnel, toutes dispositions imposées par les circonstances. Pour l'exercice de ces pouvoirs, le ministre informe le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche dans les meilleurs délais. Dans ces mêmes cas, le recteur de région académique, chancelier des universités, a qualité pour prendre, à titre provisoire, les mesures conservatoires nécessaires après avoir consulté le président ou le directeur de l'établissement.

Les établissements sont soumis au contrôle administratif de l'inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche. Le contrôle financier s'exerce a posteriori ; les établissements sont soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances ; la Cour des comptes exerce un contrôle de la gestion portant notamment sur la politique de ressources humaines des établissements.

L'agent comptable exerce ses fonctions conformément aux règles de la comptabilité publique et dans les conditions fixées par le décret en Conseil d'Etat prévu à l'article L. 719-5.

Ce même décret précise les cas et les conditions dans lesquels les budgets des établissements sont soumis à approbation ainsi que les mesures exceptionnelles prises en cas de déséquilibre.