L'assiduité à l'ensemble des activités de formation est obligatoire.
Toute infraction au règlement intérieur, tout acte commis tant à l'intérieur qu'à l'extérieur de l'école portant préjudice moral ou matériel à l'école, à son personnel, aux enseignants ou aux élèves expose l'élève aux sanctions disciplinaires suivantes :
1° L'avertissement ;
2° L'exclusion temporaire n'excédant pas quinze jours ;
3° L'exclusion de l'école pour l'année scolaire en cours ;

4° L'exclusion définitive.
L'avertissement est infligé à l'élève par le directeur général, qui le fait comparaître devant lui.
Les sanctions d'exclusion sont prises par le directeur général, sur avis du conseil de classe, tel que défini par le règlement intérieur. Le conseil se prononce après avoir entendu l'intéressé et toute personne susceptible de l'éclairer. L'élève traduit devant le conseil de discipline peut se faire assister par une personne de son choix.
Les sanctions sont notifiées par écrit aux intéressés et aux personnes investies de l'autorité parentale, s'ils sont mineurs. Il est tenu un cahier des sanctions disciplinaires.

Le pouvoir disciplinaire applicable aux enseignants-chercheurs est exercé par le conseil d'administration constitué en section disciplinaire dans les conditions fixées aux articles R. 712-9 à R. 712-46 du code de l'éducation. Les personnels en service au sein de l'Ecole nationale supérieure maritime relèvent du seul régime disciplinaire applicable à leur statut ou cadre d'emploi.