L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un ou plusieurs directeurs généraux adjoints et d'un secrétaire général.

Le conseil d'administration comprend trente-deux membres ainsi répartis :
a) Membres de droit :
― quatre représentants de l'Etat, dont deux représentants du ministre chargé de l'agriculture, ou leurs suppléants, nommés par arrêté de ce ministre ;
― deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés respectivement par leur organe délibérant, ou leurs suppléants ; ces collectivités ou groupements sont choisis par le conseil d'administration ;
― un représentant de l' Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement désigné par son président ;
― un représentant de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale désigné par son président ;
― un représentant du Conseil supérieur de l'ordre des vétérinaires désigné par son président ;
b) Membres nommés :
― sept personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont au moins une parmi les anciens élèves ;
c) Membres élus :
― quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ou leurs suppléants ;
― quatre représentants des maîtres de conférences et assimilés et des autres enseignants ou leurs suppléants ;
― quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
― quatre représentants des étudiants ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Le projet d'établissement et les contrats avec l'Etat qui le mettent en œuvre ;
2° Le règlement intérieur et le règlement des études ;
3° Les statuts et les structures internes de l'établissement ;
4° La politique de l'enseignement, les créations de diplômes propres, les demandes d'habilitations à délivrer des diplômes nationaux et les propositions relatives aux modalités de recrutement des étudiants ;
5° La politique de recherche de l'établissement et la valorisation de ses résultats ;
6° Le budget et ses décisions modificatives ;
7° Le compte financier, l'affectation du résultat et l'utilisation des réserves ;
8° Le montant des droits de scolarité acquittés par les stagiaires de la formation continue, les auditeurs libres et les étudiants préparant un diplôme propre, sans préjudice des dispositions de l'article 22 ;
9° Les acquisitions, locations et cessions d'immeubles ;
10° Les contrats, conventions et marchés ;
11° Les créations, renouvellements et suppressions d'emplois au sein de l'établissement ;
12° Les dépôts de marques, brevets et de tous titres de propriété intellectuelle ;
13° La participation à toute forme de groupement public ou privé et la création de fondations universitaires ou partenariales et de filiales ;
14° L'acceptation des dons et legs ;
15° Les emprunts ;
16° Les actions en justice et les transactions.
Il peut déléguer au directeur général de l'établissement, dans les limites qu'il fixe, les attributions mentionnées aux 8°, 10°, 12° et 16°. Le directeur général rend compte des décisions prises dans le cadre des attributions ainsi déléguées à la plus prochaine réunion du conseil d'administration.
Le directeur général, le ou les directeurs généraux adjoints, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil d'administration peut constituer une commission permanente, dont il fixe la composition. Entre ses séances, il peut déléguer à cette commission le pouvoir de délibérer sur les décisions modificatives du budget ainsi que les attributions mentionnées aux 8°, 9°, 10°, 11°, 12°, 14° et 16° de l'article 6 ci-dessus.
La commission permanente est présidée par le président du conseil d'administration ou, en son absence, par le vice-président. Outre son président, elle comprend au plus quinze membres dont la moitié au moins sont des membres élus au conseil d'administration ; tous les collèges électoraux sont représentés.
Le conseil d'administration renouvelle les membres de cette commission chaque année.
La commission est réunie par son président, sur proposition du directeur général, qui y assiste avec voix consultative. Elle rend compte au conseil d'administration de ses délibérations à la plus prochaine séance de ce dernier.

Le directeur général est nommé par décret dans les conditions fixées par l'article 2 du décret n° 2010-362 du 8 avril 2010 fixant les conditions de nomination et d'avancement dans les emplois de directeur général et de directeur des établissements d'enseignement supérieur agricole publics.

Le directeur général assure la direction de l'établissement et le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. A cet effet, il exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration, notamment le budget ;
2° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
3° Il a autorité sur l'ensemble des personnels. Il nomme le ou les directeurs généraux adjoints et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu ce pouvoir ;
4° Il décide de l'organisation et du fonctionnement des services généraux ainsi que de l'attribution des locaux ;
5° Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
6° Il assure le maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'établissement. Il peut faire appel à la force publique en ce qui concerne les locaux relevant de sa seule responsabilité ;
7° Il nomme les membres des différents jurys pour les diplômes délivrés par l'établissement ;
8° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature aux directeurs généraux adjoints, au secrétaire général ou à d'autres membres du personnel d'encadrement de l'établissement, dans la limite de leurs attributions.

Le conseil scientifique comprend vingt-sept membres ainsi répartis :
a) Le directeur général de l'établissement ;
b) Treize personnalités désignées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture en raison de leur compétence scientifique ou professionnelle ;
c) Treize membres élus :
― quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ;
― trois représentants des personnels enseignants, des ingénieurs et des chercheurs, titulaires de l'habilitation à diriger des recherches ;
― trois représentants des personnels enseignants, des ingénieurs et des chercheurs, titulaires du doctorat n'appartenant pas à la catégorie précédente ;
― deux représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens n'appartenant à aucune des deux catégories précédentes ;
― un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement.
Le conseil scientifique élit le président en son sein parmi les personnalités désignées au b.
Toute personne désignée par le conseil d'administration ou dont le président du conseil scientifique estime la présence nécessaire assiste aux réunions avec voix consultative.

Le conseil scientifique peut proposer au conseil d'administration les orientations à donner aux activités de recherche conduites dans l'établissement ou avec sa participation.
Il est consulté sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur et de chercheur, sur la création ou la transformation d'unités de recherche, sur toute question relative aux formations doctorales et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence. Il exerce les attributions mentionnées aux articles 18, 29 et 52 du décret du 21 février 1992 susvisé.
Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement et donne, à ce titre, son avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres et sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux.
Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.

Le nombre de sièges au conseil des enseignants est fixé par le conseil d'administration sans pouvoir excéder trente et un. Outre le directeur général ou son représentant qui le préside, il comprend en nombre égal des représentants élus des professeurs et des personnels assimilés, et des représentants élus des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement.

Le conseil des enseignants donne son avis au conseil d'administration sur les orientations et les programmes des enseignements de formation initiale et continue, sur les modalités de recrutement des étudiants et le règlement des études. Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante est informé de ces avis.
Le conseil des enseignants est garant de la bonne organisation du contrôle et de la sanction des études. Il peut proposer les modalités d'attribution des diplômes sanctionnant les formations dispensées au sein de l'établissement et les conditions d'ajournement ou d'exclusion des étudiants pour insuffisance dans les études. Il émet un avis sur les projets de création ou de modification de diplômes propres, sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux, sur l'organisation des départements et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.
Il est consulté sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur et exerce les attributions relatives à la gestion des intéressés mentionnées dans le décret du 21 février 1992 susvisé.
Le conseil des enseignants peut être réuni en formation restreinte selon des modalités fixées par les statuts de l'établissement.

Outre le directeur général ou son représentant qui le préside, le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante comprend vingt-deux membres ainsi répartis :
a) Deux personnalités désignées par le conseil d'administration parmi les personnes mentionnées au b de l'article 5 ;
b) Vingt membres élus :
― quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ;
― quatre représentants des maîtres de conférences et des autres personnels enseignants ;
― quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;
― huit représentants des étudiants.

Le conseil de l'enseignement et de la vie étudiante émet un avis sur les orientations des enseignements de formation initiale et continue, sur le règlement des études, ainsi que sur les programmes et les modalités de contrôle des études. Il donne son avis au conseil d'administration sur les projets de création ou de modification de diplômes propres, sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux, sur l'organisation des départements et sur le projet d'établissement ou le règlement intérieur pour les domaines relevant de sa compétence.
Il peut proposer les mesures de nature à permettre l'orientation des étudiants, leur entrée dans la vie active, et à favoriser les activités culturelles, sociales ou associatives qui leur sont offertes.
Il peut également proposer les améliorations à apporter aux conditions de vie, de sécurité et de travail et les mesures relatives aux activités de soutien aux œuvres sociales, aux services médicaux et sociaux, aux bibliothèques et aux centres de documentation.

Le service d'activités industrielles et commerciales de l'établissement exerce les missions confiées au service commun chargé d'assurer, au sein de chaque université, l'exploitation de ses activités industrielles et commerciales par le titre Ier du décret du 19 avril 2002 susvisé. Sans préjudice des dispositions de l'article 4, il est organisé et fonctionne conformément aux dispositions de ce même texte. Le directeur général exerce les attributions du président de l'université énumérées par le décret du 19 avril 2002 susvisé.