L'école est dirigée par un président et un directeur général.
Le conseil d'administration par ses délibérations et le conseil scientifique par ses avis et orientations assurent l'administration de l'école.
Elle est dotée d'un conseil d'orientation stratégique.
Elle comprend des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services.

Le président de l'école et le directeur général sont nommés pour un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sans considération de nationalité, après appel de candidatures. La durée des fonctions en qualité de président et de directeur général ne peut excéder deux mandats.
Ils sont choisis parmi les personnalités ayant une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'école.
Chaque candidat à la fonction de président présente à l'appui de sa candidature un projet d'établissement. Il élabore ce projet d'établissement avec le concours du candidat à la fonction de directeur général.
Les deux candidatures sont déposées concomitamment et tiennent compte des grands secteurs de formation enseignés à l'école.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission un avis motivé sur les candidatures qu'il a au préalable retenues. Cette commission est constituée de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école, nommées par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Les fonctions de président et de directeur général sont incompatibles avec l'exercice de fonctions électives au sein de l'école et de fonctions de directeur d'institut, de département, de laboratoire de recherche et de service.
Dans le cas où le président ou le directeur général cessent leurs fonctions pour quelque cause que ce soit, un nouveau président ou un nouveau directeur général est nommé pour la durée du mandat de son prédécesseur restant à courir. Si la vacance intervient au cours du dernier tiers du mandat, le nouveau président ou le nouveau directeur général peut exercer deux autres mandats.

Le président de l'école préside le conseil d'administration, en fixe l'ordre du jour et s'assure de la mise en œuvre de ses délibérations. En cas de partage égal des voix, il a voix prépondérante.
Il anime et coordonne la réflexion stratégique conduisant à la définition de la politique partenariale de l'établissement et de ses relations avec les organismes nationaux ou internationaux. Il conclut les accords nationaux et internationaux intervenant dans ces domaines.

Le directeur général exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation et les décrets pris pour son application, à l'exception de la présidence du conseil d'administration et du conseil scientifique et des attributions du président de l'école définies à l'article 6.
Il assiste aux séances du conseil d'administration et du conseil scientifique avec voix consultative.
Il est assisté de directeurs délégués qu'il nomme et dont il fixe les attributions respectives.
Il peut déléguer sa signature au secrétaire général, aux directeurs délégués et, pour les affaires concernant les instituts, les départements, les laboratoires de recherche et les services mentionnés à l'article 4, à leurs responsables respectifs.

Hormis leurs présidents respectifs, le conseil d'administration et le conseil scientifique comprennent au maximum vingt-six membres.
Ils sont composés de personnalités qualifiées, françaises et étrangères, désignées par le président de l'école, et d'institutions partenaires choisies par le président de l'école.
Le conseil d'administration comprend en outre pour moitié des représentants élus des personnels, des élèves et des étudiants et le conseil scientifique au minimum un tiers de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des ingénieurs de recherche, des élèves et des étudiants.
Le conseil d'administration comprend également au maximum deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements sur le territoire desquels est implantée l'école, désignés respectivement par leurs organes délibérants ; ces collectivités sont fixées dans le règlement intérieur.
Le conseil scientifique élit son président parmi les personnalités qualifiées dans les conditions définies par le règlement intérieur pour un mandat de cinq ans renouvelable une fois.

Le conseil d'administration exerce les attributions confiées au conseil d'administration des universités par l'article L. 712-3 du code de l'éducation. Il peut déléguer certaines de ses compétences au directeur général dans les conditions fixées par cet article.
En outre, il délibère sur la création ou la suppression des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services et adopte le règlement intérieur de l'école, dans les conditions définies au premier alinéa de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.
Dans le cadre de ses compétences, il peut créer des commissions dont les modalités de désignation des membres et de fonctionnement sont précisées par le règlement intérieur.

Le conseil scientifique exerce les attributions confiées au conseil scientifique des universités par l'article L. 712-5 du code de l'éducation. En outre, il procède à l'évaluation pédagogique et scientifique de l'école. Il adopte son règlement intérieur.

Le conseil d'orientation stratégique contribue à la réflexion sur les grandes orientations relatives à la politique partenariale, aux activités de formation et de recherche de l'école.

Le règlement intérieur de l'établissement, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires en vigueur, précise notamment la composition du conseil d'administration et du conseil scientifique, les règles de quorum et les modalités de délibérations de ces conseils, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs. Il définit en outre la liste des personnes qui peuvent assister aux séances des conseils avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.
Il fixe également la composition du conseil d'orientation stratégique, ses modalités d'organisation et de désignation de son président et de ses membres.

Les représentants des personnels, des élèves et des étudiants sont élus au scrutin plurinominal, ou uninominal si un seul siège est à pourvoir, majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge. Pour les élèves et les étudiants, chaque candidat se présente avec un suppléant appelé à siéger en cas d'empêchement temporaire ou définitif du titulaire.
Pour les élections au conseil d'administration et au conseil scientifique, les personnels d'enseignement et de recherche sont répartis entre les collèges A et B définis au 1 de l'article 3 du décret du 18 janvier 1985 susvisé.
Les conditions d'exercice du droit de suffrage, d'éligibilité et de recours contre les élections sont fixées par le décret du 18 janvier 1985 susvisé. Au conseil scientifique, au titre du collège des usagers, sont électeurs les élèves et étudiants titulaires de la première année de master ou d'un diplôme équivalent et sont seuls éligibles les élèves et étudiants titulaires de l'agrégation ou d'un diplôme de niveau égal ou supérieur au master.
La durée du mandat des membres des conseils est de cinq ans renouvelable, à l'exception des représentants des élèves et des étudiants dont le mandat est d'un an. Nul ne peut être membre de plus d'un conseil de l'école.
En cas de vacance d'un siège d'un membre élu ou nommé, un nouveau membre est désigné pour la durée du mandat restant à courir. Pour le collège des élèves et des étudiants, il n'est pas procédé à la désignation d'un nouveau membre lorsque la durée du mandat des représentants des élèves et étudiants restant à courir est inférieure à trois mois.

Les missions et les compétences des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, leurs modalités d'organisation et de fonctionnement, de désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont arrêtées par le conseil d'administration dans les conditions d'adoption du règlement intérieur de l'établissement et lui sont annexées.
Chaque institut, département, laboratoire de recherche et service dispose d'un budget propre, qui est intégré au budget de l'école dans les conditions définies à l'article L. 719-5 du code de l'éducation et du décret pris pour son application.

L'école peut, avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur, créer un ou plusieurs services communs interétablissements. Les établissements intéressés règlent par convention l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement au sein duquel le service établit son siège, appelé établissement de rattachement, ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative.
Ce service est doté d'un budget annexe au budget de l'établissement de rattachement dans les conditions définies à l'article L. 719-5 du code de l'éducation et du décret pris pour son application.