Lorsqu'il est chargé d'une mission de service public dirigée au nom de l'Etat, notamment dans le domaine de la santé publique vétérinaire, le vétérinaire des armées, habilité à cet effet, exerce ses activités conformément aux dispositions du code rural et rend compte à l'autorité du service de santé des armées dont il relève des difficultés éventuellement rencontrées dans la conduite de ses investigations ou dans l'établissement des actes de certification professionnelle.

Dans le cadre des missions qui lui sont confiées par le service de santé des armées, le vétérinaire des armées, habilité à l'exercice d'une mission de contrôle officiel, poursuit ses activités de soins, de prévention, de conseil, d'assistance et de formation. Toutefois, les audits, les inspections et les vérifications effectuées au titre du contrôle officiel doivent être accomplis d'une manière formelle et indépendante des autres activités.

Le vétérinaire des armées ne peut exercer des actes de santé publique vétérinaire ou de police sanitaire lorsque ces actes ont été demandés par l'autorité sanitaire compétente à un autre vétérinaire et qu'il en a connaissance.
Il doit, dans les limites de ses attributions, contribuer à donner aux membres des corps d'inspection sanitaires mandatés à cet effet toutes facilités pour l'accomplissement de leurs missions.