Le praticien des armées est soumis à une double subordination, hiérarchique et technique.
Comme officier, il est hiérarchiquement subordonné à l'autorité d'emploi auprès de laquelle il est placé, conformément aux dispositions de l'article L. 4122-1 du code de la défense.
Comme praticien, il relève de la seule autorité technique du service de santé des armées, conformément aux dispositions de l'article 4 du décret du 14 juillet 1991 susvisé.

Le praticien des armées dispose, pour exercer sa profession, de l'indépendance nécessaire quant au choix et à la mise en œuvre de ses actes techniques, dans le respect des bonnes pratiques professionnelles et dans le cadre des directives relatives à l'exécution des missions qui lui sont confiées.
La reconnaissance de cette indépendance ne fait obstacle ni à l'autorité technique du service de santé des armées sur l'ensemble de son personnel, ni aux règles relatives à la discipline générale militaire.

L'autorité conférée aux grades et aux fonctions est nécessaire à l'exercice des responsabilités qui leur sont attachées. Les relations entre praticiens des armées, quelles que soient la spécialité qu'ils exercent et la qualité au titre de laquelle ils servent, obéissent aux règles de la hiérarchie militaire générale liées à ces grades et fonctions, ainsi qu'à celles mentionnées à l'article 30.

Le praticien des armées doit, dans le respect de l'éthique professionnelle, tenir l'autorité dont il relève informée des résultats pratiques des constatations faites dans l'exercice de ses activités techniques, lorsqu'ils sont de nature à rendre nécessaires, dans l'intérêt du service ou dans celui du patient, des actions de médecine préventive ou curative, individuelle ou collective.