L'établissement est soumis au contrôle financier dans les conditions prévues par le décret du 4 juillet 2005 susvisé. L'autorité chargée du contrôle financier est désignée par arrêté du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé des finances.

Le droit de sécurité prévu à l' article L.2221-6 du code des transports est constaté, recouvré et contrôlé par l'établissement.
A cet effet, le directeur général habilite les agents de l'établissement chargés d'exercer le droit de communication prévu par l'article L. 81 du livre des procédures fiscales. Le directeur général ou la personne à qui il a délégué sa signature en application de l'article 13 du présent décret signe les actes nécessaires à l'accomplissement de la procédure de redressement contradictoire prévue aux premier et dernier alinéas de l'article L. 57 du livre des procédures fiscales ou de la procédure de taxation d'office prévue par l'article L. 76 du même livre ainsi que le titre exécutoire de recouvrement des droits supplémentaires et des pénalités correspondantes prévus aux articles 1727 et suivants du code général des impôts.

Les réclamations relatives au droit de sécurité prévu à l' article L.2221-6 du code des transports sont présentées et instruites comme en matière de taxe sur le chiffre d'affaires sous réserve des dispositions ci-après.
Les réclamations relatives à l'assiette du droit de sécurité sont adressées au directeur général de l'établissement.
Les réclamations relatives à son recouvrement sont adressées à l'agent comptable de l'établissement.