L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de douze membres, dont :
1° Cinq membres de droit représentant l'Etat :
a) Le directeur des transports ferroviaires et collectifs ou son représentant ;
b) Le directeur des affaires économiques et internationales auprès du ministre chargé des transports ou son représentant ;
c) Le directeur du budget ou son représentant ;
d) Le directeur de la défense et de la sécurité civiles ou son représentant ;
e) Le directeur général des entreprises ou son représentant ;
2° Un représentant de l'Etat choisi parmi les membres du Conseil général des ponts et chaussées ;
3° Un député et un sénateur, désignés respectivement par le président de l'Assemblée nationale et par le président du Sénat ;
4° Deux personnalités choisies en raison de leur connaissance du système ferroviaire ;
5° Deux représentants du personnel élus selon des modalités fixées par le règlement intérieur de l'établissement, pour une durée de trois ans.
Les membres mentionnés au 2° et au 4° sont nommés par le ministre chargé des transports pour une durée de trois ans. Les membres mentionnés au 3° restent en fonctions jusqu'au terme de leur mandat parlementaire.

En cas de vacance d'un siège au conseil d'administration avant la fin normale du mandat pour quelque cause que ce soit, un autre membre est désigné selon les modalités prévues à l'article 3 pour la durée du mandat restant à courir.

Le conseil d'administration élit son président parmi ses membres pour une durée de trois ans renouvelable. Le président convoque le conseil d'administration, arrête l'ordre du jour des séances sur proposition du directeur général et dirige les débats. Il veille à l'exécution des décisions prises par le conseil d'administration et lui en rend compte.

En cas d'empêchement ou de décès du président, le doyen d'âge du conseil d'administration assume les fonctions de président jusqu'à la fin de l'empêchement du président ou jusqu'à l'élection du nouveau président. Le premier conseil d'administration suivant la constatation de l'empêchement ou du décès est convoqué par le directeur général.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an. Les convocations sont faites par tout moyen. En outre, la convocation est de droit dans les quinze jours à compter de la demande qui en est faite par le ministre chargé des transports ou par le tiers au moins des membres du conseil d'administration pour l'examen d'une question déterminée.

Le conseil d'administration ne se réunit valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur tout ou partie des questions inscrites à l'ordre du jour dans un délai maximum de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Les décisions du conseil d'administration sont adoptées à la majorité. La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.
Le conseil d'administration peut entendre toute personne dont il estime l'audition utile à son information.
Les administrateurs, ainsi que toute personne appelée à assister aux réunions du conseil, sont tenus à une obligation de confidentialité.
Le procès-verbal signé par le président et par le secrétaire de séance est adressé sans délai aux ministres chargés des transports et du budget et à l'autorité chargée du contrôle financier.

Le conseil d'administration fixe son règlement intérieur. Il règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. A ce titre notamment :
1° Il fixe le siège de l'établissement ;
2° Il approuve l'organisation générale de l'établissement et adopte son règlement ;
3° Il fixe les conditions de la gestion administrative et financière des personnels, leurs conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération ;
4° Il adopte le budget de l'établissement, les décisions modificatives et détermine le tableau des emplois ;
5° Il propose aux ministres chargés des transports et du budget les taux applicables au droit de sécurité mentionné au 1° de l'article 2 de la loi n° 2006-10 du 5 janvier 2006 susvisée ;
6° Il détermine l'assiette, le taux et les conditions de perception des redevances prévues par le 3° de l'article 3 de la loi du 5 janvier 2006 susvisée ;
7° Il approuve le compte financier ;
8° Il autorise la passation des contrats, marchés et conventions ;
9° Il autorise les acquisitions, aliénations, échanges d'immeubles, les baux et locations dont le montant est supérieur à un seuil fixé par arrêté conjoint des ministres chargés des transports et du budget ;
10° Il autorise les actions en justice et les transactions ;
11° Il autorise les participations de l'établissement dans des sociétés, groupements ou organismes en conformité avec la mission dévolue à l'établissement ;
12° Il accepte les dons et legs et en détermine l'emploi ;
13° Il approuve le programme d'activité et les orientations de la politique de l'établissement proposés par le directeur général ;
14° Il délibère sur le rapport annuel de l'établissement présenté par le directeur général.
Le conseil d'administration peut, dans les conditions et limites qu'il détermine, déléguer au directeur général les attributions mentionnées aux 3°, 8°, 9°, 10° et 12° ci-dessus.
Les délibérations du conseil d'administration prévues aux 4°, 6°, 7° et 11° sont transmises au ministre chargé du budget et au ministre chargé des transports qui disposent d'un délai d'un mois à compter de leur réception pour s'y opposer. Si aucun d'entre eux n'y a fait opposition dans ce délai, elles sont exécutoires.
Le conseil d'administration est informé chaque année de l'ensemble des contrats, marchés ou conventions conclus l'année précédente.

Les fonctions de membre du conseil d'administration sont exercées à titre gratuit. Elles ouvrent droit au remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions applicables aux personnels de l'établissement.

Le directeur général est nommé par décret du Président de la République sur proposition du ministre chargé des transports.
Il exerce les compétences définies à l'article 2 de la loi du 5 janvier 2006 susvisée.
A ce titre notamment, le directeur général :
a) Prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
b) Délivre, retire ou suspend les autorisations requises pour l'exercice des activités ferroviaires ou en restreint le champ d'application ;
c) Accomplit tous les actes relevant de la compétence de l'établissement qui ne sont pas dévolus au conseil d'administration en vertu des dispositions de l'article 9 ;
d) Rend compte au conseil d'administration des mesures prises dans le cadre des délégations d'attribution qui lui sont octroyées ;
e) A autorité sur tous les personnels dont il assure le recrutement, la nomination et la gestion et dont il fixe la rémunération dans le cadre des conditions générales définies par le conseil d'administration ;
f) Est ordonnateur des recettes et dépenses ;
g) Est la personne responsable des marchés ;
h) Etablit et met en oeuvre le programme de contrôle des entreprises concernées par la réglementation technique et de sécurité des transports ferroviaires ;
i) Représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile.

Le directeur général de l'établissement participe aux réunions du conseil d'administration avec voix consultative. Il peut se faire assister de toute personne de son choix. L'autorité chargée du contrôle financier et l'agent comptable participent également aux séances avec voix consultative.

Le directeur général peut déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité, dans des limites et des conditions déterminées par le conseil d'administration. L'acte de délégation précise l'identité du délégataire et l'étendue de la délégation. Les actes de délégation font l'objet d'une publication au Bulletin officiel du ministère compétent en matière de transports.

Le ministre chargé des transports peut à tout moment se faire communiquer par le directeur général tous documents, pièces ou archives. Il peut porter à la connaissance du directeur général toute information qu'il juge utile.
Si le ministre chargé des transports estime qu'une décision du directeur général intéressant la sécurité ou l'interopérabilité des transports ferroviaires sur le réseau qui relève de la compétence de l'établissement comporte une menace grave pour l'ordre public ou la continuité du service public, il peut demander au directeur général un réexamen de sa décision. Après avoir procédé à ce réexamen, le directeur général informe le ministre, sous forme écrite et motivée, de sa décision soit de confirmer, soit de retirer ou soit de réformer sa première décision.

Les personnels du cadre permanent de la SNCF ou de la RATP peuvent être mis en position de détachement auprès de l'établissement dans les conditions définies ci-après.
Les personnels détachés auprès de l'établissement sont rémunérés par lui et sont soumis aux règles régissant la fonction qu'ils y exercent durant leur détachement à l'exception des dispositions réglementaires ou conventionnelles relatives à la rupture du contrat de travail et à la fin de carrière pour lesquelles les dispositions statutaires de leur entreprise d'origine restent applicables.
Leur contrat de travail avec leur entreprise d'origine est alors suspendu sous réserve de l'application des alinéas suivants.
Les personnels en détachement continuent à bénéficier du régime de retraite de leur entreprise d'origine. Celle-ci adresse à l'établissement les éléments de calcul nécessaires à la détermination du montant des cotisations constitutives des droits à pension, selon les modalités fixées par la convention prévue à l'alinéa suivant.
Une convention passée entre l'établissement et chacune des entreprises d'origine précise la durée du détachement et les conditions dans lesquelles les personnels mis en position de détachement peuvent notamment continuer à bénéficier durant cette période d'un avancement au sein de leur entreprise d'origine et pourront y être réintégrés.
Cette convention précise en outre les conditions dans lesquelles il peut être mis fin de manière anticipée au détachement auprès de l'établissement.

Les inspecteurs de l'établissement procèdent aux inspections décidées par le directeur général. Ils doivent pouvoir justifier de leur identité et de leurs fonctions au sein de l'établissement.
Dans le cas d'un refus d'accès tel que prévu par le III de l'article 2 de la loi du 5 janvier 2006 susvisée, l'agent habilité ou le directeur général peuvent saisir le président du tribunal de grande instance dans le ressort duquel sont situés les lieux dont l'accès est refusé, ou un magistrat délégué par lui. Celui-ci est saisi et statue selon la procédure d'ordonnance sur requête prévue aux articles 493 à 498 du nouveau code de procédure civile. Le ministère d'avocat n'est pas obligatoire.
La requête précise les locaux, lieux, installations ou matériels de transport auxquels l'accès est refusé. Elle comporte tous les éléments de nature à justifier cet accès.
L'ordonnance mentionne les locaux, lieux, installations et matériels de transport, à l'exclusion des domiciles et de la partie des locaux servant de domicile, dont l'accès est autorisé, ainsi que le nom et la qualité de l'agent habilité à procéder à la visite. Elle fixe une durée à l'issue de laquelle la mesure ordonnée est caduque. Cette durée ne peut excéder deux mois.
La visite s'effectue sous le contrôle du président du tribunal de grande instance ou du magistrat délégué par lui qui l'a autorisée. Celui-ci peut se rendre sur place pendant l'intervention et, à tout moment, décider la suspension ou l'arrêt de la visite.

Les informations recueillies dans le cadre d'une mission d'inspection font l'objet d'un rapport transmis par l'inspecteur chargé de la mission au directeur général de l'établissement. Ce rapport est communiqué par le directeur général à la personne responsable des locaux, lieux, installations ou matériels de transport inspectés. Cette personne peut faire valoir ses observations dans un délai de quinze jours.

Les agents de l'établissement sont astreints au secret professionnel pour les informations dont ils ont eu connaissance à l'occasion de leurs fonctions.