L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de douze membres, dont :
1° Cinq membres de droit représentant l'Etat :
a) Le directeur des transports ferroviaires et collectifs ou son représentant ;
b) Le directeur des affaires économiques et internationales auprès du ministre chargé des transports ou son représentant ;
c) Le directeur du budget ou son représentant ;
d) Le directeur de la défense et de la sécurité civiles ou son représentant ;
e) Le directeur général des entreprises ou son représentant ;
2° Un représentant de l'Etat choisi parmi les membres du Conseil général des ponts et chaussées ;
3° Un député et un sénateur, désignés respectivement par le président de l'Assemblée nationale et par le président du Sénat ;
4° Deux personnalités choisies en raison de leur connaissance du système ferroviaire ;
5° Deux représentants du personnel élus selon des modalités fixées par le règlement intérieur de l'établissement, pour une durée de trois ans.
Les membres mentionnés au 2° et au 4° sont nommés par le ministre chargé des transports pour une durée de trois ans. Les membres mentionnés au 3° restent en fonctions jusqu'au terme de leur mandat parlementaire.